Είχε χάσει από μικρός το δεξί του μάτι και το σκέπαζε με μαύρο επίδεσμο, γι’ αυτό στη γνωστή προσωπογραφία του εικονίζεται με το αριστερό προφίλ του. Είναι χαρακτηριστικό ότι απέκτησε την τεράστια περιουσία του και ανέπτυξε την αμφιλεγόμενη πολιτική δράση του κατά τη διάρκεια του Αγώνα, χωρίς να απομακρυνθεί ουδέ κατ’ ελάχιστον από την πατρίδα του καθ’ όλη τη διάρκεια του βίου του.
Ο Λάζαρος Κουντουριώτης γεννήθηκε το 1769 στην Ύδρα και το μεγαλύτερο από τα έξι παιδιά του έμπορου και καραβοκύρη Ανδρέα Κουντουριώτη (?-1801) και της Μαρίας Κοκκίνη. Ο μικρότερος αδελφός ήταν ο πολιτικός Γεώργιος Κουντουριώτης (1782-1858), που διετέλεσε μεταξύ άλλων πρόεδρος του Εκτελεστικού (1824-1826), Πρόεδρος της Γερουσίας (1844-1847) και πρωθυπουργός (1848). Το πραγματικό επώνυμο της οικογένειάς του ήταν Ζερβας και το Κουντουριώτης ήταν αρχικά το προσωνύμιο του αρβανίτη παππού του Χατζηγιώργη Ζέρβα, ο οποίος είχε ζήσει στα Κούντουρα της Μεγαρίδας και μετά την επάνοδό του στο νησί εξακολουθούσε να φορά την τοπική φορεσιά της περιοχής εκείνης.
Από την ηλικία των 14 χρονών, ο Λάζαρος Κουντουριώτης άρχισε ν’ ασχολείται με τις επιχειρηματικές υποθέσεις του πατέρα του, ο οποίος ήταν εγκατεστημένος στη Γένοβα της Ιταλίας. Μετά τη δολοφονία του πατέρα του, που επισυνέβη τις παραμονές του γάμου του με τη Σταματία Ευαγγελίδη, ανέλαβε τη διαχείριση της οικογενειακής περιουσίας και στις παραμονές της Επανάστασης ήταν από τους πλουσιότερους πλοιοκτήτες της Ύδρας. Όπως και οι άλλοι επιφανείς Υδραίοι, δεν ήθελε την Επανάσταση, που τη θεωρούσε πρόωρη, συντασσόμενος με την άποψη του Αδαμάντιου Κοραή.
Όμως η εξέγερση του λαού με επικεφαλής τον πλοίαρχο Αντώνη Οικονόμου τον υποχρέωσε να συμμετάσχει και να συνεισφέρει σημαντικό ποσό, που άγγιζε τα 2 εκατομμύρια χρυσά φράγκα. Μετά την ανατροπή του Οικονόμου (12 Μαΐου 1821), στην οποία πρωτοστάτησε και ήταν ένας από τους ηθικούς αυτουργούς της δολοφονίας του, η εξουσία πέρασε και πάλι στους προκρίτους, με κυρίαρχο τον Λάζαρο Κουντουριώτη.
Το 1823 του προτάθηκε να αναλάβει την προεδρία του Βουλευτικού, εκείνος όμως αρνήθηκε, όπως αρνήθηκε και όλα τα αξιώματα που κατά περιόδους του προσφέρθηκαν, προτιμώντας να δρα από το παρασκήνιο. Έτσι, με δικές του υποδείξεις ο γαμπρός του Ιωάννης Ορλάνδος διετέλεσε πρόεδρος του Βουλευτικού το 1824 και ο αδελφός του Γεώργιος Κουντουριώτης ανέλαβε πρόεδρος του Εκτελεστικού τον Ιανουάριο του 1824. Ως την παραίτησή του τον Απρίλιο του 1826, ουσιαστικός κυβερνήτης τής Ελλάδας ήταν ο Λάζαρος Κουντουριώτης, τον οποίο ο αδελφός του συμβουλευόταν σε όλα τα ζητήματα, όπως δείχνει και η εκτεταμένη μεταξύ τους αλληλογραφία.
Ωστόσο, συνέβαλε ουσιαστικά στην ενίσχυση του πολεμικού στόλου της Ύδρας, προσφέροντας τα ιδιόκτητα πλοία του και παράλληλα, με το κύρος που διέθετε, προσπάθησε να περιορίσει τις πειρατικές ενέργειες των συμπατριωτών του σε βάρος πλοίων με ουδέτερη σημαία. Επίσης, πρωτοστάτησε στη σύναψη του πρώτου δανείου από την Αγγλία (ο γαμπρός του Ορλάνδος ήταν ένας από τους τρεις έλληνες απεσταλμένους στο Λονδίνο που τον συνομολόγησαν) και υπήρξε μέλος της επιτροπής διαχείρισης των χρημάτων.
Ο Λάζαρος Κουντουριώτης είχε σοβαρές ευθύνες για τα δεινά των εμφυλίων συρράξεων κατά τη διάρκεια της Επανάστασης, καθώς και για τον ελλιπή εφοδιασμό των επαναστατικών δυνάμεων στο Μεσολόγγι, παρά το γεγονός ότι στους Υδραίους κυρίως είχε ανατεθεί η διαχείριση των πόρων από το εσωτερικό και το εξωτερικό. Μόνο μετά την καταστροφή των Ψαρών (22 Ιουνίου 1824) επέβαλε την – ανώφελη πλέον – έξοδο του υδραϊκού στόλου.
Επί Καποδίστρια διορίστηκε διοικητής της Ύδρας στις αρχές του 1828, παραιτήθηκε όμως τον Δεκέμβριο του ίδιου χρόνου επειδή ο κυβερνήτης με τα πενιχρά μέσα που διέθετε δεν ήταν σε θέση να καταβάλει άμεσα τις υπέρογκες αποζημιώσεις που απαιτούσαν οι καραβοκύρηδες της Ύδρας. Από τότε και μέχρι τη δολοφονία του Καποδίστρια (27 Σεπτεμβρίου 1831) η Ύδρα, με πρωταγωνιστή τον Λάζαρο Κουντουριώτη, έγινε κύρια εστία τής αντιπολίτευσης κατά του Κυβερνήτη.
Επί Όθωνα υπηρέτησε ως μέλος της Γερουσίας, παρά το γεγονός ότι ως το τέλος της ζωής του δεν είχε απομακρυνθεί από την ιδιαίτερη πατρίδα του. Στο αρχοντικό του, που σήμερα αποτελεί παράρτημα του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου, δεχόταν τους υψηλούς προσκεκλημένους του για να του υποβάλουν τα σέβη τους – τον Ιωάννη Καποδίστρια, τον Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο, το βασιλικό ζεύγος του Όθωνα και της Αμαλίας κ.ά. - χωρίς ποτέ να ανταποδώσει αυτές.
Ο Λάζαρος Κουντουριώτης πέθανε στην Ύδρα στις 6 Ιουνίου 1852, σε ηλικία 83 ετών. Κηδεύτηκε με τιμές και η κυβέρνηση κήρυξε πενθήμερο εθνικό πένθος.
Παιδιά του ήταν οι πολιτικοί Παντελής Κουντουριώτης (1814-1880) και Δημήτριος Κουντουριώτης (?-1858) και η Μαρία Κουντουριώτη που παντρεύτηκε τον οκτάκις πρωθυπουργό Δημήτριο Βούλγαρη (1802-1877), γιο του μπέη της Ύδρας Γεωργίου Βούλγαρη.