Ο Φώτης Κόντογλου ( = Φώτης Αποστολλέλης) γεννήθηκε στο Αϊβαλί (Κυδωνίες) της Μικράς Ασίας, τέταρτο παιδί του Νικολάου Αποστολλέλη και της συζύγου του Δέσποινας, το γένος Κόντογλου. Είχε μια αδερφή και δυο αδερφούς. Σε ηλικία ενός μόλις έτους ορφάνεψε από πατέρα και την οικογένεια ανέλαβε ο αδερφός της μητέρας του Στέφανος Κόντογλου (στην κηδεμονία του οποίου ανάγεται και το όνομα Κόντογλου), που ήταν Ηγούμενος στη Μονή Αγίας Παρασκευής. Τα μαθητικά του χρόνια πέρασε στο μετόχι της Αγίας Παρασκευής και στις Κυδωνίες και το 1913 μπήκε με εξετάσεις στο τρίτο έτος της Σχολής Καλών Τεχνών στην Αθήνα. Λίγους μήνες αργότερα εγκατέλειψε τη σχολή και έφυγε για να συνεχίσει τις εικαστικές σπουδές του στο Παρίσι με οικονομική βοήθεια από τον θείο του. Στο Παρίσι παρακολούθησε μαθήματα ζωγραφικής, συνεργάστηκε με το γαλλικό περιοδικό Illustration (σε διαγωνισμό του οποίου βραβεύτηκε για την εικονογράφηση του έργου του Κνουτ Χάμσουν Η πείνα) και εργάστηκε ως εργάτης σε πολεμική βιομηχανία για να ζήσει. Το 1917 ταξίδεψε στην Ισπανία και την Πορτογαλία.
Το 1919 μετά το τέλος του πρώτου παγκοσμίου πολέμου επέστρεψε στη γενέτειρά του, όπου διορίστηκε καθηγητής γαλλικών και ιστορίας τέχνης στο Παρθεναγωγείο, ανέπτυξε πνευματική δραστηριότητα και ίδρυσε το σύλλογο Νέοι Άνθρωποι. Το 1921 πήρε μέρος στη μικρασιατική εκστρατεία και μετά την καταστροφή του 1922 κατέφυγε αρχικά στη Μυτιλήνη και στη συνέχεια στην Αθήνα. Είχε προηγουμένως επισκεφτεί το Άγιο Όρος, όπου ξαναπήγε το 1923 για να μελετήσει τη βυζαντινή τέχνη και να δημιουργήσει αντίγραφά αγιογραφιών, τα οποία παρουσίασε σε εκθέσεις, αρχικά στη Μυτιλήνη και στη συνέχεια στην Αθήνα.
Το 1926 παντρεύτηκε τη Μαρία Χατζηκαμπούρη, και επισκέφτηκε για τρίτη φορά το Άγιο Όρος. Την περίοδο 1930-1931 εργάστηκε ως συντηρητής στο Βυζαντινό Μουσείο της Αθήνας, από το 1933 δίδαξε ιστορία τέχνης και ζωγραφική στο αμερικάνικο κολλέγιο, όπου γνωρίστηκε με τον Κάρολο Κουν, και είχε μαθητές τον Γιάννη Τσαρούχη και το Νίκο Εγγονόπουλο.
Το 1935 ανέλαβε την οργάνωση του βυζαντινού τμήματος του μουσείου της Κέρκυρας. Ανέλαβε τη συντήρηση των τοιχογραφιών του Μυστρά, την εικονογράφηση πολλών εκκλησιών, τη διακόσμηση του Δημαρχείου της Αθήνας Το 1963 τραυματίστηκε σε αυτοκινητιστικό ατύχημα με τη σύζυγό του και έμεινε κατάκοιτος για πέντε μήνες. Πέθανε το 1965 στο νοσοκομείο του Ευαγγελισμού από μετεγχειρητική μόλυνση μετά από χειρουργική επέμβαση στην κύστη. Τιμήθηκε με το Βραβείο της Ακαδημίας Αθηνών (1959, για το βιβλίο του Έκφρασις της Ορθοδόξου Εικονογραφίας), το Βραβείο Πουρφίνα της Ομάδας των Δώδεκα (1963 για το βιβλίο Το Αϊβαλί, η πατρίδα μου), το Βραβείο του Ταξιάρχη του Φοίνικα, το Αριστείο των Γραμμάτων και των Τεχνών (1965 για το σύνολο του έργου του).
Μαθητής γυμνασίου ακόμη στις Κυδωνίες είχε κυκλοφορήσει το περιοδικό Μέλισσα, που εικονογραφούσε ο ίδιος. Υπήρξε συνιδρυτής του περιοδικού Φιλική Εταιρεία (μαζί με τους Κώστα Βάρναλη, Δημήτρη Πικιώνη, Στρατή Δούκα και Βάσο Δασκαλάκη) που κυκλοφόρησε από το 1924 ως το 1925 και του περιοδικού Κιβωτός (μαζί με τον Βασίλη Μουστάκη). Συνεργάστηκε με τα περιοδικά Ελληνικά Γράμματα του Κωστή Μπαστιά (1929), Νέα Εστία, Ελληνική Δημιουργία, Εκκλησία, Εφημέριος και την εφημερίδα Ελευθερία (από το 1949 ως το τέλος της ζωής του) και εξέδωσε μελέτες για τη βυζαντινή τέχνη και έργα ταξιδιωτικής λογοτεχνίας και πεζογραφίας.
Η πρώτη εμφάνιση του Κόντογλου στα γράμματα πραγματοποιήθηκε το 1918 με την έκδοση της νουβέλας του Πέδρο Καζάς σε περιορισμένα αντίτυπα. Το 1928 εκδόθηκε το βιβλίο του Ταξείδια και το 1935 ο Αστρολάβος. Εντονότερη παρουσιάζεται η συγγραφική του δραστηριότητα (θρησκευτικής κυρίως θεματολογίας) στα μέσα της δεκαετίας του 1940 και ως το τέλος της ζωής του.
Για περισσότερα βιογραφικά στοιχεία του Φώτη Κόντογλου βλ. Βιβιλάκης Ιωσήφ, «Βιογραφικές παρατηρήσεις για τον Φώτη Κόντογλου», Νέα Εστία138, 1/11/1995, ετ.ΞΘ’, αρ.1640, σ.1413-1418, Καλαμαράς Βασίλης, «Εργοβιογραφία Φώτη Κόντογλου», Διαβάζω113, 27/2/1985, σ.10-15, Μουστάκης Βασ., «Κόντογλου Φώτης», Μεγάλη Εγκυκλοπαίδεια της Νεοελληνικής Λογοτεχνίας8. Αθήνα, Χάρη Πάτση, χ.χ., Παγανός Γ.Δ., «Φώτης Κόντογλου», Η μεσοπολεμική πεζογραφία · Από τον πρώτο ως τον δεύτερο παγκόσμιο πόλεμο (1914-1939)Ε΄, σ,48-121. Αθήνα, Σοκόλης, 1992, Σπητέρης Τώνης Π. – Ζήρας Αλεξ., «Κόντογλου Φώτης». Παγκόσμιο Βιογραφικό Λεξικό5. Αθήνα, Εκδοτική Αθηνών, 1986, και Φώτης Κόντογλου, εν εικόνι διαπορευόμενος· Εκατό χρόνια από τη γέννησή του και τριάντα από την κοίμησή του. Αθήνα, Ακρίτας, 1995.
Ο Φώτιος Κόντογλου πέθανε στις 13 Ιουλίου 1965 στον «Ευαγγελισμό» από τις επιπλοκές που του είχε προκαλέσει ένα αυτοκινητιστικό δυστύχημα. Θεωρείται από τους σημαντικότερους εικαστικούς καλλιτέχνες, που άνοιξε νέους δρόμους στην ελληνική ζωγραφική. Το πλούσιο λογοτεχνικό του έργο παρέμεινε εν πολλοίς στρατευμένο στην υπόθεση του Χριστιανισμού, όμως τα πρώιμα έργα του και ιδιαίτερα το μυθιστόρημα «Πέδρο Καζάς» ανήκουν στις σημαντικές στιγμές της λογοτεχνίας μας.