Κάποιοι αρχαιολόγοι και μελετητές, ανάμεσά τους ο Έλληνας Τάσος Νεριούτσος, τοποθετουν τον τάφο στο κέντρο της Αλεξάνδρειας στη διαστεύρωση της αρχαίας Κανόπιας οδού (σύγχρονη λεωφόρος Χορέγια) και τον αρχαίο δρόμο με τον κωδικό R5.
Το 1850, ένας Έλληνας της Αλεξάνδρειας, ο Αμβρόσιος Σκυλίτσης, ισχυρίστηκε ότι είδε το σώμα του Αλέξανδρου μέσα σε γυάλινο φέρετρο και ότι βρισκόταν μέσα στο τζαμί του Προφήτη Δανιήλ στην Αλεξάνδρεια.
Το 1888, ο Σλήμαν αποπειράθηκε να κάνει έρευνες στο τζαμί, αλλά του αρνήθηκε η άδεια ανασκαφής.
Το 1993 ο ιστορικός ερευνητής Τριαντάφυλλος Παπαζώης ανέπτυξε τη θεωρία πως στο βασιλικό τάφο ΙΙ της Βεργίνας δεν είναι θαμμένος ο Φίλιππος Β´ αλλά ο Μέγας Αλέξανδρος μαζί με τη σύζυγό του Ρωξάνη. Με την άποψη του Παπαζώη συντάχθηκε και η Ελένη Γλύκατζη - Αρβελέρ, στο βιβλίο της «Ο Μέγας Αλέξανδρος των Βυζαντινών».
Το 1995, η αρχαιολόγος Λιάνα Σουβαλτζή ανακοίνωσε ότι βρήκε τον τάφο του Αλέξανδρου στην Όαση Σίβα της Αιγύπτου. Ο ισχυρισμός αυτός απορρίφθηκε μετά από λεπτομερή εξέταση των ευρημάτων.
Μια άλλη θεωρία, του Βρετανού ιστορικού Άντριου Τσαγκ, υποστηρίζει ότι το σώμα εκλάπη κατά τον Μεσαίωνα, από Βενετούς έμπορους στην Αλεξάνδρεια, οι οποίοι νόμιζαν ότι ήταν το σώμα του Αγίου Μάρκου, προστάτη της Βενετίας και σήμερα βρίσκεται στον καθεδρικό ναό του Αγίου Μάρκου στη Βενετία, όπου και εκτίθεται προς λατρεία ως το σώμα του αγίου.
Το 2014 ανασκάφηκε από την ομάδα της αρχαιολόγου Κατερίνας Περιστέρη, το ταφικό μνημείο στον Τύμβο Καστά της Νέας Μεσολακκιάς Σερρών, που χρονολογείται στο τελευταίο τέταρτο του 4ου αιώνα π.Χ. και η τοποθεσία αντιστοιχεί στην αρχαία Αμφίπολη.
Κάποιοι πίστεψαν ότι ήταν ο τάφος του Αλέξανδρου. Ο τάφος σχετίζεται τελικά με το μακεδόνα βασιλιά, αλλά εμμέσως: Ήταν το μνημείο που κατασκευάστηκε κατά παραγγελία του Μεγάλου Αλεξάνδρου για τον Ηφαιστίωνα.
Ο ίδιος ο Αλέξανδρος στην πραγματικότητα δεν έχουμε ιδέα που βρίσκεται. Ούτε θα σταματήσουμε να τον αναζητούμε.
Ο ίδιος κάπου αναπαύεται, παραμένοντας εξίσου αινιγματικός στο θάνατό του όσο ήταν και εν ζωή.