Η υπόθεση του Εσθονού επιτρόπου κρατά από το 2015 και φέρεται να βίασε μία συνάδελφό του, 20 χρόνια νεότερή του, εκείνη τη χρονιά.
Δικαστήριο της πόλης Μονς τον τιμώρησε με τετραετή ποινή φυλάκισης με αναστολή, με τον 53χρονο ωστόσο, αν και είχε καθαιρεθεί προ πολλού από τη θέση του, να συνεχίζει να πληρώνεται κανονικά, καθώς η Κομισιόν είχε ξεχάσει να τον διαγράψει από τα μητρώα της.
Ο Ραχουόγια ήταν επικεφαλής στη Γενική Διεύθυνση Κινητικότητας και Μεταφορών της Επιτροπής το 2015, όταν συνέβησαν τα γεγονότα. Αρχικά είχε καταδικαστεί από το Δικαστήριο των Βρυξελλών, καθώς φέρεται εκείνη την ημέρα να είχε «διοργανώσει πάρτι για τα γενέθλια της κόρης του», αλλά τα γεγονότα έδειξαν πως είχε συνευρεθεί με νεαρή κοπέλα.
Ο ίδιος στην υπεράσπισή του είπε πως η συνεύρεση ήταν συναινετική, ωστόσο το δικαστήριο δικαίωσε το θύμα.
Μαζί με την ποινή των τεσσάρων ετών, ο 53χρονος θα πρέπει να πληρώσει 30.000 ευρώ στο θύμα, ενώ του αφαιρέθηκαν τα πολιτικά του δικαιώματα για πέντε χρόνια, όπως και το δικαίωμα ψήφου.
Ασκησε έφεση, στην οποία η ποινή του αυξήθηκε τελικά σε έξι χρόνια, και προχώρησε σε νέα έφεση, με το δικαστήριο του Μονς να επιβάλει τελικά ποινή τεσσάρων ετών με αναστολή.
Οσον αφορά τη μισθοδοσία του, η εφημερίδα «Brussels Times» αναφέρει πως η Επιτροπή τον απάλλαξε από τα καθήκοντά του, αλλά δεν τον έβγαλε από τα μητρώα και σε όλη την διάρκεια της δικαστικής διαδικασίας πληρωνόταν μηνιαίως 14.000 ευρώ.