Γεννηθείς στα Χανιά, στις 18 Οκτωβρίου 1918, ήταν ο δευτερότοκος γιος του δημοσιογράφου και πολιτικού, Κυριάκου Μητσοτάκη (1883-1944), και της Σταυρούλας Πλουμιδάκη. Από αρκετά νωρίς ενεπλάκη στα κοινά και ακριβώς μετά το τέλος του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, το 1946, εξελέγη για πρώτη φορά βουλευτής με τους «Βενιζελικούς Φιλελεύθερους», των οποίων ηγείτο ο Σοφοκλής Βενιζέλος.
Ένα χρόνο νωρίτερα, το 1945, επανέκδωσε την ημερήσια εφημερίδα «Κήρυξ Χανίων», η οποία κυκλοφορεί μέχρι σήμερα.
Ανέλαβε για πρώτη φορά κυβερνητικό αξίωμα το 1951 ως υφυπουργός Οικονομικών στην κυβέρνηση Σοφοκλή Βενιζέλου.
Το 1961 εξελέγη βουλευτής με το νεοσύστατο κόμμα της Ένωσης Κέντρου, που είχε ιδρύσει ο Γεώργιος Παπανδρέου και συμμετείχε στον «ανένδοτο αγώνα» κατά της κυβέρνησης του Κωνσταντίνου Καραμανλή.
Τρία χρόνια αργότερα, το 1964, πρωταγωνίστησε στις ενδοκομματικές διενέξεις που συγκλόνισαν την κυβέρνηση του Γεωργίου Παπανδρέου, ενώ το Νοέμβριο του ίδιου έτους ήρθε σε ρήξη με τον συνάδελφό του αναπληρωτή υπουργό Συντονισμού, Ανδρέα Παπανδρέου, η οποία οξύνθηκε με την αμφιλεγόμενη αποκάλυψη μυστικής οργάνωσης στο στρατό (υπόθεση «Ασπίδα») και είχε ως αποτέλεσμα την προσωρινή απομάκρυνση από την κυβέρνηση του Ανδρέα Παπανδρέου.
Διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στα «Ιουλιανά» το 1965, που οδήγησαν στην απομάκρυνση της κυβέρνησης του Γ. Παπανδρέου από το βασιλιά Κωνσταντίνο Β' και στο σχηματισμό αλλεπάλληλων κυβερνήσεων από πρώην στελέχη της Ένωσης Κέντρου που αποχώρησαν από το κόμμα.
Την 21η Απριλίου 1967, συνελήφθη από τη δικτατορία των συνταγματαρχών και κρατήθηκε σε καθεστώς περιορισμού, αλλά αφέθηκε ελεύθερος με την αμνηστία του Δεκεμβρίου 1967 και ύστερα διέφυγε στη Γαλλία, όπου παρέμεινε περίπου πεντέμισι χρόνια, συμμετέχοντας ενεργά στη δράση κατά του στρατιωτικού καθεστώτος. Το 1973 επέστρεψε στην Ελλάδα, αλλά μετά το πραξικόπημα της 25ης Νοεμβρίου συνελήφθη και πάλι για να ελευθερωθεί τελικά τον Ιούλιο του 1974, όταν ανατράπηκε η δικτατορία.
Τα χρόνια της μεταπολίτευσης
Στις εκλογές της 17ης Νοεμβρίου 1974 συμμετείχε ως ανεξάρτητος υποψήφιος με το ψηφοδέλτιο του Δημοκρατικού Συνδυασμού Νομού Χανίων, αλλά αν και πήρε 11.322 ψήφους, δεν εξελέγη βουλευτής, παρότι κατετάγη δεύτερος σε αριθμό ψήφων στο νομό.
Το 1977, συμμετείχε στις εκλογές της 20ης Νοεμβρίου και εξελέγη στην περιφέρεια Χανίων ως αρχηγός του νεοσυσταθέντος από τον ίδιο κόμματος Νεοφιλελευθέρων.
Έναν χρόνο αργότερα, το 1978, προσχώρησε στο κόμμα της Νέας Δημοκρατίας και το 1981 ορίστηκε κοινοβουλευτικός της εκπρόσωπος.
Την 1η Σεπτεμβρίου 1984, εξελέγη πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας με 70 ψήφους έναντι 42 του δεύτερου υποψήφιου Κωστή Στεφανόπουλου. Στις εκλογές του Ιουνίου 1985, μετείχε ως αρχηγός του κόμματος, το οποίο αναδείχθηκε δεύτερο με ποσοστό 40,84% και 126 έδρες.
Το Σεπτέμβριο του 1987, εξελέγη αντιπρόεδρος της Διεθνούς Ένωσης Δημοκρατικών Κομμάτων (IDU), θέση στην οποία επανεξελέγη το 1989 και το 1992.
Το 1989 μετείχε για δεύτερη φορά στις βουλευτικές εκλογές της 18ης Ιουνίου, ως αρχηγός της Νέας Δημοκρατίας, η οποία αναδείχτηκε πρώτο κόμμα συγκεντρώνοντας τη σχετική πλειοψηφία με ποσοστό 44,25% και 145 έδρες.
Στις 20 Ιουνίου 1989 ο πρόεδρος της Δημοκρατίας του ανέθεσε την πρώτη διερευνητική εντολή για να σχηματίσει κυβέρνηση, την οποία όμως παρέδωσε, αφού οι προσπάθειες που κατέβαλε στο τριήμερο που ορίζει το Σύνταγμα απέβησαν άκαρπες.
Γίνεται πρωθυπουργός
Στις 11 Απριλίου 1990, ενώ είχαν προηγηθεί οι εκλογές της 5ης Νοεμβρίου 1989, στις οποίες το κόμμα του δεν συγκέντρωσε την απαραίτητη πλειοψηφία, κατάφερε να σχηματίσει κυβέρνηση, αφού στις τρίτες κατά σειράν εκλογές της 8ης Απριλίου 1990, η ΝΔ συγκέντρωσε 150 έδρες (ποσοστό 46,88%) και έλαβε την υποστήριξη του Θ. Κατσίκη μοναδικού βουλευτή της ΔΗΑΝΑ.
Στις 12 Ιουλίου 1991 πρότεινε την σταδιακή απομάκρυνση των επιθετικών όπλων από τις περιοχές της ελληνικής Θράκης, της ευρωπαϊκής Τουρκίας και της νότιας Βουλγαρίας. Η πρόταση αυτή, η οποία ανακοινώθηκε λίγες μέρες πριν από το ταξίδι του Αμερικανού προέδρου Τζορτζ Μπους στην Αθήνα, έγινε αμέσως αποδεκτή από τη Βουλγαρία, αλλά δεν βρήκε την ανάλογη ανταπόκριση από την Τουρκία. Το διήμερο
Υπήρξε ο οικοδεσπότης πρωθυπουργός της Διάσκεψης των Αθηνών, 1-2 Μαΐου 1993, η οποία εγκωμιάστηκε ως επιτυχία της ελληνικής εξωτερικής πολιτικής στη γιουγκοσλαβική κρίση, αφού, κατά τη διάρκειά της, ο ηγέτης των Σέρβων της Βοσνίας, Ράντοβαν Κάραντζιτς, πείστηκε να υπογράψει υπό όρους το ειρηνευτικό σχέδιο Βανς-Οουεν.
Η υπογραφή του Σέρβου ηγέτη, έγινε δεκτή από τη διεθνή κοινή γνώμη, ως το πρώτο σημαντικό βήμα για τον τερματισμό του εμφυλίου πολέμου στη Βοσνία, αλλά λίγες μέρες αργότερα, το αυτοανακηρυχθέν κοινοβούλιο των Σέρβων της Βοσνίας, απέρριψε με συντριπτική πλειοψηφία το ειρηνευτικό σχέδιο και παρέπεμψε την έγκρισή του σε δημοψήφισμα.
Στις 11 Οκτωβρίου 1993, μετά την εκλογική ήττα της Νέας Δημοκρατίας, υπέβαλε την παραίτησή του στον πρόεδρο της Δημοκρατίας.
Στις 26 Οκτωβρίου 1993 παραιτήθηκε και από πρόεδρος του κόμματος της Νέας Δημοκρατίας και στις 3 Νοεμβρίου, ύστερα από πρόταση του νέου προέδρου της ΝΔ, Μιλτιάδη Έβερτ, και ομόφωνη απόφαση της Κοινοβουλευτικής Ομάδας, ανακηρύχθηκε επίτιμος πρόεδρος του κόμματος.
Στις 5 Μάϊου 1994, 42 βουλευτές του ΠΑΣΟΚ κατέθεσαν στη Βουλή πρόταση κατηγορίας εναντίον του, για την υπόθεση της πώλησης της ΑΓΕΤ, ενώ στις 19 Μαΐου η Βουλή αποφάσισε τη σύσταση προανακριτικής επιτροπής για την ίδια υπόθεση. Στις 16 Ιουνίου η Βουλή τον παρέπεμψε στο Ειδικό Δικαστήριο για το θέμα των υποκλοπών και στις 15 Σεπτεμβρίου αποφάσισε την παραπομπή του στο Ειδικό Δικαστήριο για την υπόθεση της ΑΓΕΤ. Υπέρ της παραπομπής για την κατηγορία της ηθικής αυτουργίας σε απιστία ψήφισαν μόνον οι βουλευτές του ΠΑΣΟΚ, ενώ για τις τρεις άλλες κατηγορίες (παθητική δωροδοκία, παράβαση καθήκοντος και παράβαση του νόμου περί ευθύνης υπουργών) ψήφισαν υπέρ της παραπομπής και οι βουλευτές της Πολιτικής Άνοιξης (ΠΟΛΑΝ).
Στις 16 Ιανουαρίου 1995 η Βουλή, μετά από παρέμβαση του πρωθυπουργού Ανδρέα Παπανδρέου, την οποία ο ίδιος χαρακτήρισε «ταπεινωτική υποχώρηση», ζητώντας να δικαστεί για να «λάμψει η αλήθεια», αποφάσισε την αναστολή της δίωξης για τις υποθέσεις της ΑΓΕΤ και των υποκλοπών.
Τον Ιούνιο του 1997, τιμήθηκε με το μέγα βραβείο ελληνοτουρκικής φιλίας «Ιπεκτσί» για τη δραστηριότητά του υπέρ της προσέγγισης της Ελλάδας με την Τουρκία.
Τον Ιανουάριο του 2004, μετά από 58 χρόνια παρουσίας στη Βουλή, ανακοίνωσε την απόφασή του να τερματίσει την κοινοβουλευτική του σταδιοδρομία και δήλωσε ότι θα παραμείνει στην ενεργό πολιτική.
Τον Οκτώβριο του 2005 ιδρύθηκε προς τιμήν του έδρα Κλασικών Σπουδών στο Πανεπιστήμιο Στάνφορντ του Σαν Φρανσίσκο των ΗΠΑ.
Συνέγραψε τον πρόλογο της συλλογικής έκδοσης του βιβλίου «Μπροστά από την εποχή της η κυβέρνηση της Νέας Δημοκρατίας 1990-1993», της οποίας υπήρξε πρωθυπουργός, εκδ. Εστία, 2013.
Παντρεύτηκε την Μαρίκα Γιαννούκου (1930-2012), με την οποία απέκτησε τρεις κόρες και ένα γιό, τον Κυριάκο, ο οποίος είναι αυτήν τη στιγμή ο αρχηγός της Νέας Δημοκρατίας.
Έφυγε τα χαράματα της Δευτέρας 29 Μαΐου του 2017 σε ηλικία 99 ετών.
