Οι μυστικές υπηρεσίες και οι διεθνείς οργανισμοί ασφαλείας που παρακολουθούν την κατάσταση στο Αφγανιστάν, συμβουλεύουν τις Ηνωμένες Πολιτείες, ότι οι Ταλιμπάν δεν είναι σε θέση να διακόψουν τους δεσμούς με την τρομοκρατική ομάδα της Αλ Κάιντα. Οι δύο ομάδες έχουν πολεμήσει μαζί για αρκετές δεκαετίες στο Αφγανιστάν, καθώς μοιράζονται ανθρώπινους και υλικούς πόρους και οι δεσμοί είναι αλληλένδετοι. Το NBC News ανέφερε ότι ο Έντμουντ Φίττον-Μπράουν, συντονιστής της επιτροπής του ΟΗΕ που παρακολουθεί τους Ταλιμπάν και τις τρομοκρατικές ομάδες στο Αφγανιστάν, δήλωσε:
''Υπάρχει σαφώς μια στενή σχέση μεταξύ της Αλ Κάιντα και των Ταλιμπάν. Πιστεύουμε ότι η ηγεσία της Αλ Κάιντα εξακολουθεί να προστατεύεται από τους Ταλιμπάν''. Η Al-Qaeda εκπαιδεύεται σε περιοχές που ελέγχονται από τους Ταλιμπάν, υπάρχουν σαφείς ενδείξεις , δήλωσε ο Fitton-Brown, προσθέτοντας ότι ''υπάρχουν στοιχεία ότι οι σχέσεις μεταξύ των Ταλιμπάν και της Αλ Κάιντα δεν έχουν διακοπεί μετά τη συμφωνία της Ντόχα για την απόσυρση των αμερικανικών στρατευμάτων.''
Η Συμφωνία ζητά από τους Ταλιμπάν να αποστασιοποιηθούν από την Αλ Κάιντα, «να αποτρέψουν τη στρατολόγηση, την εκπαίδευση και τη συγκέντρωση χρημάτων» και ότι οι Ταλιμπάν «δεν θα παρέχουν βίζα, διαβατήρια, άδειες ταξιδιού ή άλλα νομικά έγγραφα, σε όσους θέτουν σε απειλή την ασφάλεια των Ηνωμένων Πολιτειών και των συμμάχων τους να εισέλθουν στο Αφγανιστάν». Το 2020, ο τότε υπουργός Εξωτερικών, εξέδωσε βιαστική δήλωση, λέγοντας ότι οι Ταλιμπάν «είχαν κάνει ένα διάλειμμα» με τις τρομοκρατικές ομάδες. Ωστόσο, οι τρομοκράτες της Αλ Κάιντα εξακολουθούν να είναι σε θέση να εκπαιδεύονται στο Αφγανιστάν. Οι μαχητές του αναπτύσσονται παράλληλα με τις δυνάμεις των Ταλιμπάν.
Η τελευταία έκθεση του ΟΗΕ το 2021, αναφέρει ότι «υπάρχουν ελάχιστες ενδείξεις σημαντικών αλλαγών στις σχέσεις μεταξύ της Αλ Κάιντα και των Ταλιμπάν». Η έκθεση είναι ξεκάθαρη, ότι «η Αλ Κάιντα εκτιμά ότι το μέλλον της στο Αφγανιστάν εξαρτάται από τους στενούς δεσμούς της με τους Ταλιμπάν». Βάζει μάλιστα τον «συνολικό αριθμό των μελών της Αλ Κάιντα και των θυγατρικών της οργανώσεων στο Αφγανιστάν μεταξύ 200 και 500, σε τουλάχιστον 11 αφγανικές επαρχίες». Η ομάδα παρακολούθησης, λέει ότι το γεγονός ότι αρκετοί διοικητές της Αλ Κάιντα έχουν σκοτωθεί σε αντιτρομοκρατικές επιχειρήσεις σε ελεγχόμενη περιοχή Ταλιμπάν «υπογραμμίζει πόσο κοντά βρίσκονται οι δύο ομάδες».
Το Γραφείο του Γενικού Επιθεωρητή του Υπουργείου Άμυνας των ΗΠΑ τον Φεβρουάριο του 2021, προχώρησε περαιτέρω στοιχεία, για να πει ότι οι δύο ομάδες είναι αλληλένδετες στο Αφγανιστάν: «… δεν ήταν σαφές εάν οι Ταλιμπάν συμμορφώνονταν με τη συμφωνία, Προς ενημέρωση, οι Ταλιμπάν λένε ότι έχουν δεσμευτεί με τη Συμφωνία της Ντόχα και αρνούνται ότι υπάρχουν «ξένοι» μαχητές ή μέλη της Αλ Κάιντα στο Αφγανιστάν. Ούτε οι ΗΠΑ, ο ΟΗΕ ή το ΝΑΤΟ τους πιστεύουν.
Τρομοκράτες από χώρες όπως το Τουρκμενιστάν, το Ουζμπεκιστάν, την Κίνα, το Ιράν, το Ιράκ, την Τουρκία, τη Σαουδική Αραβία και τα Ηνωμένα Αραβικά Εμιράτα υπήρχαν στο Αφγανιστάν, αλλά είτε δεν είναι πλέον στη χώρα ή δεν μπορούν πλέον να λειτουργούν ξεχωριστά. Οι αναφορές πληροφοριών που λαμβάνουν οι ΗΠΑ, υποδηλώνουν ότι η Αλ Κάιντα εξαρτάται πλήρως από τους Ταλιμπάν για επιβίωση. Όντας μια μικρότερη ομάδα με πολύ λιγότερους πόρους από τους Ταλιμπάν, και υπό την άμεση πίεση των ΗΠΑ και των συμμάχων τους, χρειάζεται την προστασία των Ταλιμπάν για να λειτουργήσει εντός του Αφγανιστάν.
Ένα άλλο ζήτημα είναι, ότι οι σχέσεις με την Αλ Κάιντα, υπαγορεύονται από τους ντόπιους διοικητές των Ταλιμπάν, που αλληλεπιδρούν καθημερινά με τους πρώτους, σε εχθρικές περιοχές για δεκαετίες. Η πολιτική ηγεσία των Ταλιμπάν με έδρα το Πακιστάν, από την άλλη πλευρά, δεν είναι σε θέση να αμφισβητήσει ή να αντιταχθεί στους διοικητές.
Αυτό εξηγεί εν μέρει, γιατί η ηγεσία των Ταλιμπάν φαίνεται απρόθυμη να αποσυνδεθεί από την Αλ Κάιντα και να την αντιμετωπίσει. Οι οικογενειακοί δεσμοί μεταξύ των δύο ομάδων, είναι ένας άλλος παράγοντας που χρειάζεται προσοχή. Κατά τη διάρκεια των δεκαετιών, οι τρομοκράτες της Αλ Κάιντα έχουν αναφερθεί ότι έχουν παντρευτεί κορίτσια από τις φυλές των Παστούν σε ελεγχόμενες από τους Ταλιμπάν περιοχές του Αφγανιστάν.
Τα φυλετικά έθιμα και οι οικογενειακοί δεσμοί είναι δύσκολο να διαχωριστούν, καθώς έχουν την αίσθηση την πίστης, παραδέχονται πηγές πληροφοριών. Σχεδόν τρεις δεκαετίες τέτοιων σχέσεων σήμαινε ότι υπάρχει μια δεύτερη γενιά ανθρώπων που είναι οι απόγονοι αυτών των γάμων, που έχει μεγαλώσει και έχει πάρει όπλα και που εντάχθηκε στις δύο ομάδες ως μαχητές. Και οι δύο πιστεύουν σε μια φονταμενταλιστική μορφή του Ισλάμ και καθώς η σχέση τους μεγάλωσε, μοιράστηκε επίσης έναν οπισθοδρομικό φυλετικό κώδικα της περιοχής του Αφγανιστάν που κατοικούσαν. Είναι αυτή η ομοιότητα που τους ένωσε αρχικά. Τα πρώτα χρόνια, οι ηγέτες της Αλ Κάιντα, όπως ο Οσάμα Μπιν Λάντεν, δεν δίστασαν να δεχτούν τον Μουλά Ομάρ των Ταλιμπάν ως επιρροή.
Με την άφιξη ττου ISISIS το 2014, τόσο οι Ταλιμπάν όσο και η Αλ Κάιντα ήρθαν πιο κοντά. Πιστεύεται ότι οι κορυφαίοι ηγέτες της Αλ Κάιντα και των Ταλιμπάν συναντήθηκαν αρκετές φορές το 2020 για να αποφασίσουν τα επιχειρησιακά πρωτόκολλα που θα τηρηθούν μετά την αποχώρηση των αμερικανικών στρατευμάτων.
Οι Ταλιμπάν αρνούνται επίσημα τις συναντήσεις που έγιναν τότε. Αναφερόμενος στους σημερινούς δεσμούς μεταξύ των δύο, ο Saurav Sarkar, από το Κέντρο Μελετών Αεροπορίας με έδρα το Νέο Δελχί, έγραψε σε μια εφημερίδα ότι επί του παρόντος οι Ταλιμπάν «διαθέτουν δύναμη 55.000-85.000 μαχητών». Ο Σαρκάρ μάλιστα εικάζει ότι σε περίπτωση που οι Ταλιμπάν αντιμετωπίσουν την Αλ Κάιντα, είναι πιθανό άλλες περιφερειακές ομάδες να θέλουν να βγουν από την επιρροή των Ταλιμπάν και να «ευθυγραμμιστούν με τους αντιπάλους των Ταλιμπάν, όπως το ISKP και οι επαναστατικ φατρίες Ταλιμπάν όπως το Χεζμπ-ε- Vilayat-e-Islami.»
