Το Περιφερειακό Διοικητικό Δικαστήριο της Αμισού με απόφασή του ακύρωσε το πρόγραμμα ανακαίνισης της Αγίας Σοφίας Τραπεζούντας που είναι σε εξέλιξη για την πλήρη μετατροπή του μνημείου από μουσείο σε ισλαμικό τέμενος. Το σχέδιο έχει την έγκριση της Υπηρεσίας Προστασίας Μνημείων· στη Δικαιοσύνη προσέφυγε το Επιμελητήριο Αρχιτεκτόνων Τραπεζούντας.
Το 2013 το Μουσείο της Αγίας Σοφίας πέρασε από το υπουργείο Πολιτισμού της Τουρκίας στην Περιφερειακή Διεύθυνση Ιδρυμάτων Τραπεζούντας.
Αν και απόφαση του 1986 της Υπηρεσίας Προστασίας Μνημείων ορίζει ότι θα πρέπει να χρησιμοποιείται αποκλειστικά ως μουσείο, από το 2013 σταδιακά άρχισε η κάλυψη των αγιογραφιών και έγινε διαγωνισμός ώστε η Αγία Σοφία να μετατραπεί σε τέμενος. Στην προσφυγή του το Επιμελητήριο Αρχιτεκτόνων αναφέρει ότι η έγκριση των εργασιών είναι παράνομη, καθώς παραβιάζεται η εθνική και διεθνής νομοθεσία.
Το Επιμελητήριο αρχικά προσέφυγε στο Διοικητικό Δικαστήριο Τραπεζούντας, το οποίο όμως αποφάνθηκε υπέρ του σχεδίου ανακαίνισης, παρά το γεγονός ότι παρουσιάζει πολλά κενά. Στο δικαστήριο της Αμισού εκδικάστηκε η έφεση· μάλιστα, εμπειρογνώμονας που διορίστηκε από την Έδρα επιβεβαίωσε την παραβίαση της υπ’ αριθμόν 660 απόφασης του Ανώτατου Συμβουλίου Προστασίας Μνημείων.
Σε ανακοίνωση που εξέδωσε το Επιμελητήριο Αρχιτεκτόνων Τραπεζούντας ζητά η Αγία Σοφία να λειτουργεί μόνο ως μουσείο και οι επισκέπτες να μπορούν να βλέπουν τις αγιογραφίες και άλλα αριστουργήματα της ορθόδοξης εκκλησιαστικής τέχνης.
