Γεννήθηκε στα απάτητα Όρη του Σουλίου, τη μήτρα των πιο σκληροτράχηλων ίσως πολεμιστών του ελλαδικού χώρου. Συμμετείχε χωρίς αμφιταλαντεύσεις στην Επανάσταση του 1821 σκορπίζοντας τον όλεθρο στους εχθρούς και δικαιώνοντας την πρόβλεψη του Αλή πασά «αυτός ο Σουλιώτης που δεν βγάζει μιλιά, έχει να φάει πολύ Τουρκιά μια μέρα», σύμφωνα με τη Μηχανή του Χρόνου
Για χάρη της πατρίδας φίλησε το χέρι του φονιά του πατέρα του και έσκισε το δίπλωμα της αρχιστρατηγίας του! Επισφράγισε τη μεγάλη προσφορά του στον Αγώνα συναντώντας τον θάνατο στο πεδίο της μάχης, τη στιγμή ενός ακόμη θριάμβου: Ο Μάρκος Μπότσαρης.
Ο Μάρκος Μπότσαρης καταγόταν από την φάρα (σύνολο οικογενειών που φέρουν το ίδιο όνομα και συνδέονται με δεσμούς συγγένειας) των Μποτσαραίων, η οποία, μαζί με εκείνη των Τζαβελαίων, ήταν η πιο σημαντική στην ιστορία του Σουλίου. Για τον ακριβή τόπο καταγωγής αυτής της φάρας δεν υπάρχουν πλήρως επιβεβαιωμένες πηγές. Έτσι, σύμφωνα με τον Περραιβό, οι Μποτσαραίοι κατάγονταν από το χωριό Δράγανη σημερινή Αμπελιά, της Παραμυθιάς.
Προφορική παράδοση της οικογένειας Μπότσαρη υποστηρίζει, ότι οι πρόγονοι της, μετά τον θάνατο του Γεωργίου Σκεντέρμπεη, του οποίου ήταν οπαδοί, κατέβηκαν από τον Βορρά και εγκαταστάθηκαν στο Σούλι, αφού πρώτα παρέμειναν προσωρινά στη Δράγανη. Παρόμοια άποψη εκφράζει και ο Γ.Δ. Κορομηλάς στη Μεγάλη Ελληνική Εγκυκλοπαίδεια, ο οποίος σημειώνει «Αναφέρεται (σ.σ. η φάρα των Μποτσαραίων) πολύ ενωρίτερον από την Τουρκοκρατίαν και δη ως συμπράττουσα μετά του Γεωργίου Καστριώτου (Σκεντέρμπεη)».
Δεν αποκαλύπτει όμως την πηγή της πληροφόρησης του. Παρεμφερή είναι και όσα παραθέτει ο Αναστ. Γούδας. Σύμφωνα λοιπόν με αυτόν, μετά τον θάνατο του Σκεντέρμπεη ομάδα 200 Αλβανών πολεμιστών, Χριστιανών Ορθόδοξων στο θρήσκευμα, κατέφυγε στην Ήπειρο και οι αρχηγοί του, Μπότσαρης και Τζαβέλας, επέλεξαν να εγκατασταθούν στα απρόσιτα όρη του Σουλίου, προκειμένου να διατηρήσουν τη θρησκεία τους.
Για το θέμα της καταγωγής των Μποτσαραίων και Τζαβελαίων αλλά και γενικότερα των Σουλιωτών, από οπαδούς του Σκεντέρμπεη, πολύ ενδιαφέρουσες είναι οι αναφορές από τον Β. Κραψίτη στο βιβλίο του «Η αληθινή ιστορία του Σουλίου». Ο συγγραφέας, αφού παραθέτει τις υπέρ της θεωρίας αυτής απόψεις, σημειώνει και τις αντίθετες, για να καταλήξει στο συμπέρασμα ότι οι δεύτερες είναι πολύ πιο κοντά στην αλήθεια. Το πιθανότερο είναι να έχει δίκαιο. Γιατί, αφ’ ενός δεν υπάρχει ιστορική μαρτυρία για μετακίνηση οπαδών του Σκεντέρμπεη προς τη νότια Ήπειρο, αφ’ ετέρου είναι γνωστό ότι πολοί απ’ αυτούς είτε μετανάστευσαν στη νότια Ιταλία για να αποφύγουν τις διώξεις των Τούρκων, είτε, κυρίως οι προύχοντες, αναγκάστηκαν να εξισλαμιστούν. Φαίνεται, επομένως, ότι τόπος καταγωγής της φάρας των Μποτσαραίων ήταν η Δράγανη.
Η χριστιανική «νησίδα» του Σουλίου, ήδη από τα πρώτα χρόνια της δημιουργίας της, έγινε στόχος των Τούρκων και εξισλαμισμένων Αλβανών αγάδων και μπέηδων της περιοχής. Όλες όμως οι απόπειρες εξουδετέρωσης των Σουλιωτών απέτυχαν οικτρά. Οι σκληρότεροι όμως αγώνες του Σουλίου για την διατήρηση της ανεξαρτησίας του έχουν στενότατα συνδεθεί με τον δαιμόνιο Αλή πασά. Η εμφάνιση του στο ιστορικό προσκήνιο και η απόφαση του να καταστρέψει το Σούλι οδήγησαν τους Σουλιώτες στην κορύφωση της δόξας αλλά και στην τελική καταστροφή. Εννοείται πως πρωταγωνιστικό ρόλο στις μάχες εναντίον του Αλή έπαιξαν οι δύο ισχυρότερες φάρες. Ο Γεώργιος Μπότσαρης μάλιστα, παππούς του Μάρκου, πιστώθηκε την απόκρουση της επίθεσης του Αλή το καλοκαίρι του 1792.
Μετά τον θάνατο του Λάμπρου Τζαβέλλα οι αρχηγοί των σουλιώτικών φαρών εξέλεξαν ως «πρωτοκαπετάνιο» τον γιό του, Φώτο, παραγκωνίζοντας έτσι τον Μπότσαρη. Ενδέχεται με την πράξη τους αυτή να ήθελαν να διατηρήσουν μια ισορροπία στην πολιτική κατάσταση της πατρίδας τους πιστεύοντας ότι μια εκλογή του Μπότσαρη θα αύξανε την ήδη μεγάλη δύναμη της φάρας του, κάτι που πιθανότατα δεν ήθελαν. Αυτή η εξέλιξη είχε ως αποτέλεσμα τη διάρρηξη των δεσμών του πρώην πολεμάρχου, με τους συμπατριώτες του και την εμπλοκή- τόσο του ιδίου όσο και του γιού του Κίτσου, πατέρα του Μάρκου- στις συνήθεις μηχανορραφίες του Αλή, η οποία συνέβαλε κατά πολύ στην πτώση του Σουλίου το 1803. Κατά την αποχώρηση από την πατρίδα τους (Δεκέμβριος 1803) οι Σουλιώτες δέχθηκαν αιφνιδιαστικές επιθέσεις από τα στρατεύματα του Αλή. Ο Κίτσος Μπότσαρης οχυρώθηκε στη Μονή της Κοίμησης της Θεοτόκου του Σέλτσου (βόρεια της Βρεστενίτσας) και απέκρουσε απανωτές επιθέσεις των Τουρκαλβανών.
Τον Απρίλιο όμως του 1804 η άμυνα των Σουλιωτών κατέρρευσε έπειτα από προδοσία. Ελάχιστοι διέφυγαν από τη σφαγή και την αιχμαλωσία- μεταξύ αυτών ο Κίτσος Μπότσαρης και Μάρκος- και έπειτα από πολλές περιπέτειες έφτασαν στην Πάργα. Εκεί ενώθηκαν με τους εναπομείναντες Σουλιώτες και διαπεραιώθηκαν στα ρωσοκρατούμενα Επτάνησα. O Mάρκος ήταν δεκατριών χρονών όταν εκτυλίχθηκε η αιματηρή τραγωδία της Μονής Σέλτσου. Δηλαδή είχε γεννηθεί το 1790. Ήταν γιος του Κίτσου από τον πρώτο γάμο του με την Χρυσούλα Παπαζώτου Γιώτη. Εν μέσω των περιπετειών της οικογένειάς του και των σκληρών δοκιμασιών που υφίσταντο οι συμπατριώτες του, συνήθισε στους κινδύνους και ασκήθηκε στην πολεμική τέχνη. Παράλληλα είχε την τύχη να προετοιμαστεί για τον μετέπειτα εθνικό του ρόλο από τον μετέπειτα εθνομάρτυρα μοναχό Σαμουήλ. Ο φλογερός ιερωμένος δίδαξε τα πρώτα γράμματα στον Μάρκο και του ενέπνευσε τον πόθο για την ελευθερία.
Για κάποιο ακαθόριστο χρονικό διάστημα ο Μάρκος βρέθηκε ως όμηρος στην Αυλή του Αλή πασά στα Ιωάννινα (οι πηγές δεν συμφωνούν ούτε για το πότε βρέθηκε ούτε για το πόσο παρέμεινε εκεί). Φοίτησε στο περίφημο πολεμικό σχολείο του Αλή, το επανδρωμένο από Γάλλους αξιωματικούς, και καλλιέργησε ιδιαίτερα τις πολεμικές του αρετές. Στα Επτάνησα οι Σουλιώτες στην υπηρεσία των Ρώσων και συμμετείχαν στους πολέμους εναντίον των Γάλλων και του Αλή πασά. Με τη συνθήκη του Τιλσίτ (7 και 9 Ιουλίου 1807) τα Επτάνησα επανήλθαν στους Γάλλους. Οι τελευταίοι συγκρότησαν το λεγόμενο «Αλβανικό Σύνταγμα», το οποίο επανδρώθηκε από Σουλιώτες και άλλους πρόσφυγες, Ηπειρώτες, Στερεοελλαδίτες και Πελοποννησίους. Την απαράδεκτη, όσον αφορά τη σύνθεση του, ονομασία έλαβε το σώμα για να μην δυσαρεστηθούν από τη μία πλευρά η Υψηλή Πύλη και από την άλλη φανατικοί κύκλοι του Καθολικισμού, οι οποίοι από την εποχή του Σχίσματος μισούσαν τους Έλληνες και καθετί ελληνικό. Στο νεοσύστατο σώμα κατατάχθηκε ο Μάρκος Μπότσαρης ως υπαξιωματικός. Σύμφωνα μάλιστα με κάποιες πηγές έφτασε μέχρι τον βαθμό του ταγματάρχη.
Τον Μάρτιο του 1811 έλαβε μέρος στην προσπάθεια των Γάλλων να υπερασπίσουν την Λευκάδα από αγγλική απόβαση. Εκεί τέθηκε αντιμέτωπος με τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη καθώς ο τελευταίος υπηρετούσε τότε ως λοχαγός στο «Πρώτο Σύνταγμα Ελαφρού Ελληνικού Πεζικού του Δούκα της Υόρκης». Ευτυχώς για την Επανάσταση οι δύο ήρωες εξήλθαν αλώβητοι απ’ αυτή την περιπέτεια. Αργότερα μάλιστα έγιναν αδελφοποιητοί. Η ήττα ωστόσο των Γάλλων κατέστησε τους Σουλιώτες άνεργους και έστρεψε ξανά πολλούς απ’ αυτούς στον Αλή . Παρακινημένος από τον πανούργο πασά, ο Κίτσος Μπότσαρης επέστρεψε μαζί με την οικογένειά του στην Άπειρο. Αυτό ήταν και το μοιραίο του λάθος. Ο Αλή υποδέχθηκε τον Κίτσο με προσποιητή θέρμη. Ταυτόχρονα όμως άφησε εντέχνως να διαδοθεί πως σκόπευε να του παραχωρήσει το αρματολίκι των Τζουμέρκων επικεφαλής του οποίου ήταν εκείνη την εποχή ο Γώγος Μπακόλας. Ο τελευταίος, για να μην υπάρξει περίπτωση διεκδίκησης της περιφέρειάς του δολοφόνησε τον Κίτσο. Με αυτά τα δεδομένα ο Μάρκος δεν μπορούσε να έχει καμία εμπιστοσύνη στον Αλή πασά. Παρόλα αυτά ο πανούργος Αλβανός τον διόρισε το 1815 διοικητή στον Κακόλακο του Πωγωνίου. Δεν είναι δυνατόν να προσδιοριστεί αν ο διορισμός απέβλεπε στη χρησιμοποίηση ενός πολεμικού στελέχους αξίας ή αν ο Αλή ήθελε να παρασύρει σε παγίδα τον Μάρκο ώστε να τον εξοντώσει. Ο τελευταίος, μην μπορώντας να πράξει αλλιώς, απεδέχθη τον διορισμό αλλά φρόντιζε πάντοτε να λαμβάνει ιδιαίτερα μέτρα προστασίας.
Τον Ιούλιο του 1820 η Υψηλή Πύλη εξέδωσε αυτοκρατορικό διάταγμα, σύμφωνα με το οποίο ο Αλή πασάς κηρυσσόταν ένοχος εγκλημάτων καθοσίωσης και αναγνωρισμένος εχθρός του κράτους. Εναντίον του εστάλησαν ισχυρές στρατιωτικές δυνάμεις με επικεφαλής τον Ισμαήλ Πασόμπεη. Παράλληλα μοίρα του οθωμανικού στόλου κατέπλευσε στο Ιόνιο, με επικεφαλής τον ναύαρχο Αλή Βέη, για να καταλάβει τις παραθαλάσσιες πόλεις που βρίσκονταν στη δικαιοδοσία του Αλή. Ο ανυπότακτος ηγεμόνας από την πλευρά του οχύρωσε τα Ιωάννινα και αποφάσισε να αντισταθεί μέχρις εσχάτων. Τότε εμφανίστηκαν στο προσκήνιο οι Σουλιώτες οι οποίοι πίστεψαν ότι αυτή η διαμάχη θα τους έδινε την ευκαιρία να εγκατασταθούν ξανά στην περιοχή τους. Τα ηγετικά στελέχη της οικογένειας των Μποτσαραίων ήρθαν σε επαφή με τους αρχηγούς των σουλτανικών δυνάμεων και συμφώνησαν να ταχθούν με το μέρος τους με αντάλλαγμα την εγκατάσταση εκ νέου στο Σούλι και την απόδοση των προνομίων που τους είχε αφαιρέσει ο Αλή.
Ύστερα απ’ αυτή τη διπλωματική επιτυχία οι Σουλιώτες άρχισαν να πολιορκούν το φρούριο της Κιάφας. Η παράταιρη αυτή συμμαχία όμως δεν επρόκειτο να διαρκέσει πολύ. Πολλοί ντόπιοι Τουρκαλβανοί προύχοντες έπεισαν τον Ισμαήλ όχι μόνο να ανακαλέσει τους Σουλιώτες αλλά να επιδιώξει και την εξόντωση τους. Πράγματι εκείνος με διάφορες προφάσεις τους συγκέντρωσε στα Ιωάννινα, όπου και σκόπευε να τους σφαγιάσει. Ο Αλή πασάς όμως πληροφορήθηκε τα τεκταινόμενα από τους κατασκόπους και φρόντισε να επωφεληθεί της ευκαιρίας. Προειδοποίησε τους Σουλιώτες για τον κίνδυνο που διέτρεχαν και τους πρότεινε συμμαχία. Οι διαπραγματεύσεις έγιναν μεταξύ του ιδίου του Αλή και του Μάρκου Μπότσαρη ο οποίος αποδείχθηκε σκληρός διαπραγματευτής και αξίωσε την πλήρη ελευθερία του Σουλίου. Ο Αλή, ευρισκόμενος σε δυσχερή θέση, αποδέχτηκε πρόθυμα τους όρους του Σουλιώτη οπλαρχηγού. Η συμμαχία επισφραγίστηκε (4 Δεκεμβρίου 1820) με την ανταλλαγή ομήρων ανάμεσα στους οποίους βρίσκονταν η σύζυγος του Μάρκου Μπότσαρη και οι δύο γιοί του.
Αμέσως μετά την σύναψη της συνθήκης ο Μάρκος ανέλαβε να προσβάλει τις σουλτανικές δυνάμεις. Επικεφαλής 300-350 Σουλιωτών εμφανίστηκε επί του όρους Σατοβέτζας απέναντι από το σουλτανικό στρατόπεδο. Οι Σουλιώτες επιτέθηκαν ξιφήρεις και κατέσφαξαν τους Τούρκους που στρατωνίζονταν σε εκείνο το σημείο. Στη συνέχεια ο Μπότσαρης κατέλαβε το φρούριο των Βαριάδων και οχυρώθηκε σε αυτό. Απ’ εκεί, επικεφαλής 200 ιππέων, προσέβαλε μια σουλτανική εφοδιοπομπή στις Κομψάδες. Φόνευσε σχεδόν όλα τα μέλη της εφοδιοπομπής και απέστειλε πλήθος λαφύρων στο Σούλι. Αμέσως μετά κατέλαβε τη θέση Πέντε Πηγάδια και συνέτριψε δύναμη 5000 Αλβανών η οποία εστάλη εναντίον του. Οι ιστοριογράφοι της εποχής δεν έκρυψαν την έκπληξή τους για τον πόλεμο-αστραπή τον οποίο εφάρμοσε με απόλυτη επιτυχία ο Σουλιώτης οπλαρχηγός. Πράγματι την εποχή εκείνη ο Μπότσαρης διέτρεχε με απίστευτη ταχύτητα τη περιοχή από Άρτα μέχρι Ιωάννινα κατατροπώνοντας τα σουλτανικά στρατεύματα. Είναι βέβαιο πως αν διέθετε μεγαλύτερη δύναμη θα είχε συντρίψει τα σουλτανικά στρατεύματα και ουσιαστικά θα είχε απελευθερώσει το μεγαλύτερο μέρος της Ηπείρου, εφόσον ο Αλή πασάς δεν διέθετε πλέον επαρκείς δυνάμεις ώστε να αμφισβητήσει την κυριαρχία του. Παράλληλα με τις πολεμικές τους επιτυχίες οι Σουλιώτες έσπευσαν να οργανωθούν. Σχημάτισαν οκταμελές συμβούλιο από αντιπροσώπους των μεγαλύτερων φαρών, με πρόεδρο τον Νότη Μπότσαρη. Γενικός στρατιωτικός αρχηγός ορίστηκε ο Μάρκος Μπότσαρης.
Αμέσως με την επάνοδο τους οι Σουλιώτες ξεκίνησαν τις εκκαθαριστικές επιχειρήσεις και μέχρι τις 30 Δεκεμβρίου είχαν καταλάβει όλα τα εδάφη της παλαιάς τους επικράτειας. Στις 15 Ιανουαρίου 1821 η ηγεσία των Σουλιωτών σημείωσε μια μεγάλη διπλωματική επιτυχία. Υπέγραψε συμφωνία με τους ντόπιους Τουρκαλβανούς για κοινές επιχειρήσεις εναντίον των σουλτανικών στρατευμάτων. Λίγες ημέρες αργότερα οι συμμαχικές δυνάμεις άρχισαν επιθετικές κινήσεις και με συνεχείς νίκες στα Πέντε Πηγάδια, στο Θεριακίσι, στο Μπάρτζι, στα Πλαίσια, στους Μελιγγούς, στα Τσερίτσανα και στα Λέλοβα περιόρισαν ακόμη περισσότερο τις σουλτανικές δυνάμεις. Τότε υπό το κράτος του φόβου από τις συνεχόμενες ήττες, προτάθηκε στους Σουλιώτες, περί τις αρχές Μαρτίου συνθήκη ειρήνης με την οποία τους δίνονταν πολλές υποσχέσεις. Η πρόταση απορρίφθηκε από το συμβούλιο των αρχηγών, αλλά χρησιμοποιήθηκε ως όπλο πίεσης προς τον Αλή πασά, ο οποίος αναγκάστηκε να προβεί στην παραχώρηση του φρουρίου της Κιάφας. Στο μεταξύ οι επιχειρήσεις των σουλτανικών στρατευμάτων εναντίον του Αλή είχαν οδηγηθεί σε τέλμα. Αυτό έγινε η αιτία για την αντικατάσταση στις 15 Μαρτίου 1821 του Πασάμπεη από τον Χουρσίτ πασά, διοικητή της Πελοποννήσου. Εκείνες τις ημέρες έφθασαν στο Σούλι αντιπρόσωποι της Φιλικής Εταιρείας μεταφέροντας το μήνυμα της επικείμενης επανάστασης. Η σουλιώτικη ηγεσία και ιδιαίτερα ο Μάρκος Μπότσαρης έθεσαν εαυτούς ανεπιφύλακτα στην κοινή εθνική υπόθεση.
Με την έκρηξη της Επανάστασης το Σούλι μεταβλήθηκε στον βορειοδυτικό προμαχώνα της. Παρότι απομονωμένο, προσέφερε πάρα πολλά στην εδραίωση της, απασχολώντας και συγκρατώντας στην Ήπειρο μεγάλο αριθμό οθωμανικών δυνάμεων. Ψυχή της πολεμικής προσπάθειας των ορεσίβιων πολεμιστών ήταν αδιαμφισβήτητα ο Μάρκος Μπότσαρης. Καθώς, λοιπόν η Επανάσταση εξαπλωνόταν και εδραιωνόταν, οι Σουλιώτες και οι σύμμαχοι τους συνέχιζαν τον αγώνα τους. Τώρα όμως οι επιδιώξεις τους ήταν διαφορετικές. Οι Σουλιώτες μάχονταν για την ιδιαίτερη πατρίδα τους αλλά και για το έθνος τους, αποκρύπτοντας, όμως τους σκοπούς τους από τους Τουρκαλβανούς για να μην δημιουργηθούν προβλήματα στις σχέσεις τους. Ισχυρίζονταν πάντοτε ότι αγωνίζονταν για τη νίκη του Αλή πασά. Ο Μπότσαρης μάλιστα, ο οποίος εκτός από την αδιαμφισβήτητη πολεμική του αξία είχε δείξει και ιδιαίτερες διαπραγματευτικές ικανότητες, έκανε το παν ώστε να διατηρηθεί η εύθραυστη αυτή συμμαχία. Στο μεταξύ οι πολεμικές επιχειρήσεις συνεχίζονταν. Μάχες διεξήχθησαν στη Μπογόρτσα, στους Βαριάδες, στα Δερβίζιανα, όπου ο Μπότσαρης εξόντωσε ένα ισχυρό μισθοφορικό σώμα Τούρκων της Μακεδονίας με ένα απίστευτο τέχνασμα, και στα Πέντε Πηγάδια. Παράλληλα καταλήφθηκαν τα Λέλοβα και το παραθαλάσσιο φρούριο της Ρινιάσας και απειλήθηκε στις αρχές Μαΐου και η ίδια η Πρέβεζα.
Την ίδια εποχή οι Σουλιώτες δέχονταν τη συνεχή πίεση του Αλή και των Τουρκαλβανών συμπολεμιστών τους να ενεργήσουν εντατικότερα για τη λύση της πολιορκίας των Ιωαννίνων. Ο Μπότσαρης όμως, ακολουθώντας την ορθή συμβουλή του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου, η οποία τόνιζε τη χρησιμότητα για την Επανάσταση της παράτασης της πολιορκίας, απέφευγε με διάφορες προφάσεις κάτι τέτοιο. Ο Μπότσαρης κέρδισε με αυτό τον τρόπο μερικούς μήνες. Κάποτε, όμως, κάποια μεγάλη επιθετική κίνηση έπρεπε να γίνει. Αποφασίστηκε λοιπόν η απελευθέρωση της Άρτας προκειμένου να επιτευχθεί η ένωση με τους επαναστάτες της Αιτωλοακαρνανίας. Η πολιορκία της ηπειρωτικής πολιτείας άρχισε στις 16 Νοεμβρίου και τελείωσε άδοξα στις 4 Δεκεμβρίου. Αν και καταλήφθηκαν τα 3\4 της πόλης η στροφή των πολιορκητών στη λαφυραγωγία και η διάλυση της συμμαχίας Σουλιωτών και Τουρκαλβανών εμπόδισαν την ολοκληρωτική κατάληψή της. Πράγματι λίγο πριν την λύση της πολιορκίας διαλύθηκε ο πρόσκαιρος αυτός συνασπισμός. Τουρκαλβανοί που μετέβησαν στο Μεσολόγγι για να συζητήσουν με τον Μαυροκορδάτο για τις μελλοντικές επιχειρήσεις, διαπίστωσαν, βλέποντας παντού κατεστραμμένα τζαμιά και επαναστατικές σημαίες με το σήμα του σταυρού, ότι οι Έλληνες δεν μάχονταν υπέρ του Αλή αλλά για την ελευθερία τους. Με την επιστροφή τους λοιπόν στην Άρτα ενημέρωσαν τον Μπότσαρη ότι η συμμαχία τους διαλύεται και ταυτόχρονα προσχώρησαν στις σουλτανικές δυνάμεις.
Κατά τη διάρκεια των επιχειρήσεων αυτών συνέβη και ένα άλλο αξιομνημόνευτο γεγονός. Συμφιλιώθηκαν οι Μποτσαραίοι με τον Γώγο Μπακόλα. Ο Ιωάννης Μακρυγιάννης αναφέρει «Όταν ήρθε εις το Πέτα φιλήθηκαν με τον Γώγον αυτός (σ.σ. ο Μάρκος και ο Νότης και είπαν: ¨Ότι είχε γίνει τότε και σκότωσες τον άνθρωπο μας, σ’ έβαλε ο τύρρανος. Αυτά τώρα αλησμονήθηκαν και εις το εξής είμαστε φίλοι και αδελφοί. Και να τηράξωμεν το έργο τούτο¨. Και φιλιώθηκαν». Επρόκειτο για συγκλονιστική πατριωτική συμπεριφορά των δύο Σουλιωτών. Η αποτυχία της εκστρατείας κατά της Άρτας αποτέλεσε πλήγμα για την Επανάσταση καθώς μονιμοποίησε την απομόνωση των δυνάμεων του Μπότσαρη. Παράλληλα προστέθηκε και ένα επιπλέον πρόβλημα. Στις 24 Ιανουαρίου 1822 ο Αλή πασάς φονεύτηκε στο νησί της λίμνης των Ιωαννίνων. Ο Χουρσίτ πασάς ήταν πλέον ελεύθερος να κινητοποιήσει το σύνολο των δυνάμεων του εναντίον των Σουλιωτών. Το Σούλι περιζώθηκε από παντού και αργά αλλά σταθερά άρχισε να δέχεται έντονη πίεση, παρά τις συνεχείς επιτυχίες του Μπότσαρη. Άξιο θαυμασμού για τον Σουλιώτη οπλαρχηγό είναι και το γεγονός ότι μετά την άλωση των Ιωαννίνων η οικογένειά του είχε πέσει στα χέρια του Χουρσίτ πασά. Εκείνος όμως δεν σκέφτηκε ούτε για μια στιγμή την συνδιαλλαγή με τους εχθρούς. Την άνοιξη του 1822 η πτώση του Σουλίου ήταν πλέον θέμα χρόνου.
Ο Μάρκος Μπότσαρης μετέβη στο Μεσολόγγι, συναντήθηκε με τους εκπροσώπους της προσωρινής επαναστατικής κυβέρνησης, τους υπέδειξε τη μεγάλη σημασία, την οποία θα είχε για τον Αγώνα η εξακολούθηση της αντίστασης των Σουλιωτών και ζήτησε ενισχύσεις. Μετά από πολλούς δισταγμούς αποφασίστηκε η ανάληψη εκστρατείας, με επικεφαλής τον Μαυροκορδάτο, δια μέσου της Δυτικής Στερεάς, στην οποία συμμετείχε και ο Μπότσαρης. Στο Κομπότι της Άρτας το ελληνικό εκστρατευτικό σώμα χωρίστηκε καθώς ο Μάρκος Μπότσαρης, επικεφαλής 1500 ανδρών ξεκίνησε σύντονη πορεία προκειμένου να ενισχύσει την πολιορκημένη Κιάφα. Όμως, ύστερα από προδοσία του Γώγου Μπακόλα, του έφραξε τον δρόμο μεγάλη εχθρική δύναμη και τον αναχαίτισε στην Πλάκα κοντά στην στενωπό των Πέντε Πηγαδιών. Δεχόμενος επίθεση ταυτόχρονα και από τα νώτα του ο Μπότσαρης διέτρεξε μεγάλο κίνδυνο να περικυκλωθεί και να συλληφθεί. Κατόρθωσε όμως μετά από σκληρότατο αγώνα(30 Ιουνίου 1822) να διασπάσει τον εχθρικό κλοιό και να διαφύγει.
Στις 4 Ιουλίου κατά τη ατυχή μάχη του Πέτα η παρουσία του και η γενναιότητα του δεν στάθηκαν αρκετές ούτε να σταματήσουν την άτακτη φυγή των Ελλήνων ατάκτων, ούτε να σώσουν το, εγκλωβισμένο από τους Τούρκους, φιλελληνικό σώμα. Τίποτα δεν μπορούσε πια να σώσει το ηρωικό Σούλι. Έτσι οι Σουλιώτες ήρθαν σε συμφωνία με τους αντιπάλους τους για να εκκενώσουν την πατρίδα τους. Ο Μάρκος Μπότσαρης δεν θα αντίκριζε ποτέ πια την αγαπημένη του γενέτειρα. Μετά την καταστροφή του Πέτα και την πτώση του Σουλίου οι Τούρκοι έστρεψαν την προσοχή τους στο Μεσολόγγι. Στις 25 Οκτωβρίου 1822 πολυάριθμες εχθρικές δυνάμεις υπό τον Ομέρ Βρυώνη και τον Κιουταχή (Μεχμέτ Ρεσίτ πασά) στρατοπέδευσαν μπροστά από την οχύρωση της ιστορικής πόλης. Τις προηγούμενες ημέρες ο Μαυροκορδάτος με την συμπαράσταση του Μάρκου Μπότσαρη απέρριψαν όλες τις παραινέσεις περί εγκατάλειψης της πόλης και αποφάσισαν άμυνα μέχρις εσχάτων. Ο Σουλιώτης οπλαρχηγός έθεσε τότε πάλι στην υπηρεσία του Αγώνα την επινοητικότητα του.
Με έξυπνα τεχνάσματα και διασπορά ψευδών ειδήσεων έδωσε στην τουρκική ηγεσία την εσφαλμένη εντύπωση ότι η πόλη διέθετε πολύ μεγάλο αριθμό υπερασπιστών, κατά συνέπεια πιθανή απόπειρα κατάληψης της θα στοίχιζε στους πολιορκητές βαρύ φόρο αίματος. Η τακτική αυτή του Μπότσαρη ώθησε τους Τούρκους πασάδες να ξεκινήσουν διαπραγματεύσεις προκειμένου η πόλη να παραδοθεί αναίμακτα. Ο Μπότσαρης, έχοντας πολύτιμη εμπειρία διαπραγματεύσεων με έναν από τους πλέον πανούργους ανθρώπους της εποχής, τον Αλή πασά, δεν ήταν δυνατόν να αποτύχει. Φυσικά σκοπός του δεν ήταν η παράδοση της πόλης αλλά η καθυστέρηση της τουρκικής επίθεσης μέχρι να καταφθάσουν ενισχύσεις. Ο Σουλιώτης αρχηγός σε κάθε συνάντηση προέβαλλε όρους που απαιτούσαν συνεννόηση των απεσταλμένων των Τούρκων με τους πασάδες και γενικά χειριζόταν με τέτοιο τρόπο τις συζητήσεις ώστε, χωρίς να σταματούν οι διαπραγματεύσεις, ουδέποτε να καταλήγουν σε συμφωνία. Λίγο έλειψε μάλιστα να πετύχει την λύση της πολιορκίας εκμεταλλευόμενος την αντιζηλία των δύο Τούρκων διοικητών. Εν τω μεταξύ, σχετικά με τις διαπραγματεύσεις, δημιουργήθηκαν παρεξηγήσεις και διατυπώθηκαν υπόνοιες ότι ο Μπότσαρης χρηματίστηκε από τους Τούρκους. Κατά τον Νικ. Σπηλιάδη, έλαβε πράγματι χρήματα, προκειμένου να γίνουν οι διαπραγματεύσεις πιο πειστικές.
Τότε ακριβώς, πυροδοτήθηκαν οι ανησυχίες των Μεσολογγιτών για ενδεχόμενη προδοσία. Στην εφημερίδα «Εστία» του 1903 (αρ. φυλ. 317), σε άρθρο με τίτλο «Βίος του Καραϊσκάκη», εξιστορείται η αναστάτωση που προκάλεσαν οι πληροφορίες για ύποπτες συνομιλίες με τους πολιορκητές «…Ο Μαυροκορδάτος και ο Μπότσαρης επονηρεύθησαν δια ψευδών διαπραγματεύσεων να κρατήσωσιν τον εχθρόν υπό ανακωχήν, μέχρις ου λάβωσιν επικουρίας…Οι μικρότεροι, όμως, εντός του Μεσολογγίου κλεισμένοι οπλαρχηγοί ήρχισαν να πιστεύουν ότι ο Μπότσαρης σκέπτεται πραγματικώς να παραδώσει την πόλιν και μάλιστα δια χρήματα». Οι υπόνοιες διαλύθηκαν με τη διακοπή των διαπραγματεύσεων, τον Δεκέμβριο του 1822 και την επανάληψη των εχθροπραξιών. Αυτή τη φορά όμως η ολιγάριθμη φρουρά του Μεσολογγίου είχε ενισχυθεί από 1300 άνδρες του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη. Μια αποτυχημένη τουρκική επίθεση τη νύκτα μεταξύ 24ης και 25ης Δεκεμβρίου έπεισε τον Ομέρ Βρυώνη και τον Κιουταχή για το μάταιο της επιχείρησης. Στις 6 Ιανουαρίου 1823 (σύμφωνα με άλλες πηγές την Πρωτοχρονιά) ο Μπότσαρης, παρατηρώντας με το κιάλι από τις οχυρώσεις της πόλης, δεν εντόπισε καμία κίνηση στο τουρκικό στρατόπεδο. Οι ανιχνευτές που απέστειλε του ανήγγειλαν την αποχώρηση των τουρκικών δυνάμεων. Η πόλη είχε σωθεί και κατά ένα μεγάλο μέρος το χρωστούσε τόσο στις πολεμικές ενέργειες όσο διπλωματικές κινήσεις του Σουλιώτη οπλαρχηγού. ‘Οσον αφορά τις υπόνοιες περί χρηματισμού του γνώμη του γράφοντος είναι πως ο Μπότσαρης αν και είχε πολλές ευκαιρίες να δωροδοκηθεί, είτε από τον Αλή, είτε από τους Τούρκους ποτέ δεν ενέδωσε και με τις ενέργειες του απέδειξε την πλήρη ταύτιση του με τον Αγώνα.
