Συνέχεια έδωσε στην αντιπαράθεση με το υπουργείο Παιδείας ο τομεάρχης Παιδείας της ΝΔ, Μάξιμος Χαρακόπουλος, σε σχέση με τις εγγραφές μαθητών στα ιδιωτικά γυμνάσια.
Απαντώντας στην σκληρή ανακοίνωση που εξέδωσε το υπουργείο και που χαρακτήριζε τον κ. Χαρακόπουλο "ατζέντη συμφερόντων στο χώρο της ιδιωτικής εκπαίδευσης", ο τομεάρχης Παιδείας της ΝΔ "σήκωσε το γάντι" και δήλωσε: "Ο κ. Φίλης, ο οποίος αρέσκεται να… θυματοποιεί τον εαυτό του κάνοντας λόγο για 'δολοφόνους χαρακτήρων', φαίνεται ότι έχασε τη ψυχραιμία του, ίσως και υπό την ψυχολογική πίεση του επικείμενου ανασχηματισμού, και επιλέγει αντί της παράθεσης στοιχείων την εκτόξευση ύβρεων. Ωστόσο, αν ήταν πιο συγκρατημένος, θα μπορούσε, μετά τη διευκρινιστική δήλωσή μου, να παραθέσει απλώς τα πλήρη στοιχεία, ώστε να πληροφορηθούμε όλοι μας για τον ακριβή αριθμό των μαθητών στα ιδιωτικά σχολεία. Αντ’ αυτού, επέλεξε τις ύβρεις. Τα όσα, όμως, εξεστόμισε, απαράδεκτα για έναν υπουργό Παιδείας, χαρακτηρίζουν τον ίδιο και μόνον".
Πάντως, στον "πόλεμο ανακοινώσεων" μπήκε και το ΙΤΥΕ-ΔΙΟΦΑΝΤΟΣ, τα στοιχεία του οποίου είχε χρησιμοποιήσει ο κ. Χαρακόπουλος αρχικά, στην πρώτη του ανακοίνωση. Στην διευκρινιστική του ανακοίνωση, το ΙΤΥΕ-ΔΙΟΦΑΝΤΟΣ υπογράμμισε ότι δεν είναι στην αρμοδιότητά του να προβαίνει σε οποιαδήποτε διοικητική, εκπαιδευτική ή άλλου τύπου ερμηνεία των στοιχείων του.
Ειδικότερα, σε ότι αφορά στα ιδιωτικά γυμνάσια για το 2015-16, αναφέρεται ότι τα στοιχεία μαθητικού δυναμικού δεν μπορούν να θεωρηθούν πλήρη "επειδή κατά την περσινή σχολική χρονιά η καταχώριση δεδομένων από ιδιωτικά σχολεία στο σύστημα myschool ήταν προαιρετική (μόνο 49 μονάδες είχαν εισάγει στοιχεία) ενώ φέτος κατέστη υποχρεωτική με την υπ` Αριθ. Φ8/145/97610/Δ2/14-06-2016 εγκύκλιο του ΥΠ.Π.Ε.Θ. και τα σχολεία έχουν ξεκινήσει την εισαγωγή δεδομένων (μέχρι στιγμής έχουν εισαχθεί στοιχεία από 123 σχολικές μονάδες)".
Έτσι, τα στοιχεία αυτά αλλάζουν καθημερινά, και σύμφωνα με το ΙΤΥΕ-ΔΙΟΦΑΝΤΟ, ο αριθμός που θα κριθεί ως τελικά αξιόπιστος θα είναι αυτός που θα προκύψει με την ολοκλήρωση της πρώτης αξιολογικής περιόδου για το τρέχον σχολικό έτος, δηλαδή το τέλος του πρώτου τετραμήνου της τρέχουσας σχολικής χρονιάς.