Η Raytheon Co. είναι ένας από τους μεγαλύτερους αμυντικούς κατασκευαστές παγκοσμίως και προμηθεύει το F-35 με πυρομαχικά υψηλής ισχύος, ένα σύστημα κατόπτευσης από έξι διαφορετικές κάμερες που συγκεντρώνουν πληροφορίες σε εικόνα που προβάλεται στο κράνος του χειριστή και το εξαιρετικά προηγμένο σύστημα προσγείωσης
Το F-35 μεταφέρει τα εξής όπλα της Raytheon:
Πύραυλος AIM-9X Sidewinder: ήταν ο πρώτος πύραλος αέρος-αέρος που πιστοποιήθηκε στο F-35. O πύραυλος AIM-9X Blk I έχει δοκιμαστεί ήδη από την αμερικανική Αεροπορία και Ναυτικό.
Πύραυλος AIM-120 AMRAAM: όλες οι εκδόσεις του F-35 είναι πιστοποιημένες με τον AMRAAM. Πρόκειται για τον μόνο πύραυλος αέρος-αέρος καθοδήγησης ραντάρ που μπορεί προς το παρόν να βληθεί από το F-35.
Κάθε F-35 μπορεί να φέρει δύο πυραύλους AIM-9X στις πτέρυγες και τέσσερις AMRAAM σαν εσωτερικό φορτίο.
Joint Strike Missile: Ο JSM είναι ο μόνος πύραυλος cruise 5ης γενιάς που μπορεί να μεταφερθεί από το F-35 ως τώρα και μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί και ως όπλο Επιθετικών Αντι-Πλοϊκών Επιχειρήσεων (OASuW). Η σχεδίαση του πυραύλου επιτρέπει τη μεταφορά του στον εσωτερικό χώρο φορτίου, ενισχύοντας τις ικανότητες stealth του αεροσκάφους. Δύναται να χρησιμοποιηθεί από τις εκδόσεις -A και -C.
Βόμβα JSOW: Η βόμβα ανεμοπορίας JSOW είναι το νεώτερο όπλο ακριβείας, stand-off μέσης ακτίνος για 4ης και 5ης γενιάς αεροσκάφη. Η JSOW C είναι πιστοποιημένο από το Ναυτικό για την έκδοση -C, ολοκληρώνεται σύντομα ως εσωτερικός φόρτος στην έκδοση -A και σύντομα ως εξωτερικός στην έκδοση -B.
Βόμβα Paveway: H Enhanced Paveway II είναι μια βόμβα ακριβείας διπλής καθοδήγησης (GPS και Laser) που μπορεί να χρησιμοποιηθεί και εναντίον ταχέως ελισσομένων στόχων.
Έξυπνο πυρομαχικό StormBreaker: Το StormBreaker αναμένεται να πιστοποιηθεί σε όλες τις εκδόσεις του F-35 ως το 2023. Κάθε F-35 μπορεί να φέρει 8 StormBreaker εσωτερικά και 8 επιπλέον σαν εξωτερικά αναρτώμενο φορτίο. Με αυτό θα μπορεί να εμπλέξει πολλούς κινούμενους στόχους σε δυσμενείς συνθήκες.
Εκτός από πυρομαχικά, η Raytheon έχει αναπτύξει κι άλλες τεχνολογίες για το F-35.
To 2018, η Lockheed Martin ανέθεσε στην Raytheon να αναπτύξει το νέας γενιάς Σύστημα Διανεμημένου Διαφράγματος (Distributed Aperture System ή DAS). Το σύστημα συλλέγει εικόνες από 6 διαφορετικές κάμερες γύρω από το αεοσκάφος και προβάλει τα στοιχεία στο κράνους του χειριστή.
Πέραν αυτού, είναι και το Κοινό Σύστημα Προσέγγισης Προσγείωσης (Joint Precision Approach Landing System ή JPALS), στην ουσία ένα προηγμένο σύστημα προσγείωσης που επιτρέπει ασφαλείς και με ακρίβεια σημείου προσγειώσεις των μελλοντικών αεροσκαφών. Το F-35 θα είναι το πρώτο που θα φέρει το JPALS.