Οι διαμάχες πολιτικών και στρατιωτικών, που υπέβοσκαν από το πρώτο έτος της Επανάστασης οξύνθηκαν κατά τη διάρκεια και μετά την ολοκλήρωση της Β' Εθνοσυνέλευσης στο Άστρος (18 Απριλίου 1823). Η πολιτική κρίση εξελίχθηκε σε εμφύλιο πόλεμο το πρώτο εξάμηνο του 1824. Οι δύο αντιμαχόμενες παρατάξεις ήσαν από τη μία πλευρά οι σημαντικότεροι στρατιωτικοί της Πελοποννήσου με επικεφαλής τον Κολοκοτρώνη («Αντικυβερνητικοί») και από την άλλη οι σημαντικότεροι πολιτικοί της Πελοποννήσου και οι νησιώτες («Κυβερνητικοί»). Το ρουμελιώτικο στοιχείο, που δεν είχε ενεργό ανάμιξη στη φάση αυτή, εκπροσώπησε ο ηπειρώτης Ιωάννης Κωλέττης. Το θέατρο των επιχειρήσεων υπήρξε η Πελοπόννησος.
Αφορμή στάθηκε η καθαίρεση του υπουργού Δημητρίου Περούκα από τον νέο πρόεδρο του Βουλευτικού (Βουλή), Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο, με την κατηγορία της υπέρβασης καθήκοντος. Οι στρατιωτικοί, υπερασπιζόμενοι το Εκτελεστικό (κυβέρνηση), διαλύουν το Βουλευτικό, με την κατηγορία ότι δεν είχε ενεργήσει νόμιμα στην περίπτωση Περούκα.
Στα τέλη Νοεμβρίου 1823 το Βουλευτικό καταφεύγει στο Κρανίδι για να βρίσκεται πιο κοντά στα ναυτικά νησιά που το υποστήριζαν. Από εκεί κηρύσσει παράνομο το Εκτελεστικό και κηρύσσει νέο, με επικεφαλής τον υδραίο μεγαλοκαραβοκύρη Γεώργιο Κουντουριώτη και μέλη τους Παναγιώτη Μπόταση, Ιωάννη Κωλέττη, Νικόλαο Λόντο και Ανδρέα Ζαΐμη. Έτσι, δημιουργούνται δύο πόλοι εξουσίας, ο ένας με έδρα το Κρανίδι («Κυβερνητικοί») και ο άλλος με έδρα την Τριπολιτσά («Αντικυβερνητικοί»). Η μία κυβέρνηση κατηγορούσε την άλλη ως παράνομη, ενώ και οι δύο προκήρυξαν εκλογές για την ανάδειξη νέου Βουλευτικού.
Οι «Αντικυβερνητικοί» κατηγορούσαν τους «Κυβερνητικούς» ότι θέλουν να παραδώσουν την Ελλάδα στους Άγγλους, ενώ οι «Κυβερνητικοί» εξέφραζαν τους φόβους για τις δικτατορικές τάσεις των στρατιωτικών, που αποτελούσαν τη ραχοκοκκαλιά των «Αντικυβερνητικών». Η πλάστιγγα έγειρε εύκολα υπέρ των «Κυβερνητικών», που είχαν τη δύναμη και τον πλούτο. Συσπείρωναν τους νησιώτες εφοπλιστές και κεφαλαιούχους, τους περισσότερους ρουμελιώτες οπλαρχηγούς, το μεγαλύτερο μέρος των πελοποννησίων γαιοκτημόνων, τους Έλληνες του εξωτερικού και τους περισσότερους φιλέλληνες. Ο Κολοκοτρώνης μπορεί να ήταν η ψυχή των «Αντικυβερνητικών», αλλά οι δυνάμεις που τον υποστήριζαν ήταν περιορισμένες.
Όπλο στα χέρια της κυβέρνησης του Κρανιδίου ήταν και το πρώτο δάνειο της ανεξαρτησίας, που συνήφθη για τις πολεμικές ανάγκες της χώρας, αλλά κατασπαταλήθηκε στην εμφύλια διαμάχη. Μάταια η παράταξη Κολοκοτρώνη προσπάθησε να το μπλοκάρει, επειδή γνώριζε ποια θα ήταν η τύχη του. Το δίμηνο Φεβρουαρίου - Μαρτίου δόθηκαν σκληρές μάχες στις περιοχές της Αρκαδίας και της Αργολίδας, με εύκολη επικράτηση των Κυβερνητικών. Οι ψύχραιμες φωνές για συμβιβασμό επικράτησαν και ο Κολοκοτρώνης, βλέποντας την αδυναμία του, αναγκάστηκε να συρθεί σε συνδιαλλαγή με τον Κουντουριώτη και μετά από κοπιαστικές συζητήσεις επιτεύχθηκε συμφωνία για τερματισμό των εχθροπραξιών στις 22 Μαΐου 1824. Ο Κολοκοτρώνης αναγνώρισε την κυβέρνηση Κουντουριώτη, η οποία στις αρχές Ιουλίου χορήγησε αμνηστία στους αντιπάλους της.
Σχεδόν αμέσως, η νικήτρια φατρία του Κουντουριώτη άρχισε να ταλανίζεται από αντιθέσεις και εξαιτίας της διαχείρισης του δανείου. Οι Πελοποννήσιοι αντιλήφθηκαν ότι είχαν δώσει μεγάλη δύναμη στους νησιώτες (Υδραίους και Σπετσιώτες), οι οποίοι αποτελούσαν εμπόδιο στην ηγεμονία τους. Οι παλιοί σύμμαχοι έγιναν τώρα εχθροί και οι παλιοί εχθροί σύμμαχοι. Οι νησιώτες προσεταιρίστηκαν τους ρουμελιώτες και παραμέρισαν τους πελοποννήσιους προκρίτους. Τελικά, οι τελευταίοι αποχώρησαν από την κυβέρνηση τον Ιούλιο του 1824. Οι δύο ομάδες συγκρούστηκαν σκληρά για την εξασφάλιση της πολιτικής και στρατιωτικής ηγεσίας.
Το έναυσμα για τον δεύτερο εμφύλιο έδωσε η άρνηση των κατοίκων της Τριφυλλίας να πληρώσουν φόρους στην κυβέρνηση Κουντουριώτη. Αυτός έστειλε στρατεύματα για να επιβάλει τη θέληση της κυβέρνησης. Οι «κυβερνητικοί» υπό τον Παπαφλέσσα νικήθηκαν και οι συγκρούσεις γενικεύτηκαν. Με τα χρήματα του δανείου ο Κουντουριώτης έστρεψε τους Στερεοελλαδίτες εναντίον των Πελοποννησίων. Σε ενέδρα έξω από την Τριπολιτσά σκοτώνεται ο γιος το Κολοκοτρώνη, Πάνος, στις 13 Νοεμβρίου 1824. Ο Γέρος του Μωριά συντετριμμένος από τον θάνατο του γιου του αποσύρθηκε στη Βυτίνα, μετανιωμένος για τη συμμετοχή του στον Εμφύλιο.
Ο Κουντουριώτης με τα χρήματα του δανείου εξαγόραζε μικροκαπεταναίους και πλήρωνε τους μισθούς των στρατιωτών τους. Έτσι, μέρα με τη μέρα αποδυνάμωνε την πλευρά των Πελοποννησίων. Η χαριστική βολή δόθηκε με την εισβολή ρουμελιώτικων στρατευμάτων στην Πελοπόννησο. Με αρχηγούς τους Γκούρα και Καραϊσκάκη προκάλεσαν απερίγραπτες καταστροφές και λεηλασίες, ιδιαίτερα στην περιοχή της Αχαΐας. Ο οπλαρχηγός Δημήτριος Πλαπούτας, ως ουδέτερος, προσφέρθηκε να μεσολαβήσει για τον τερματισμό της εμφύλιας αιματοχυσίας, σε μια περίοδο που η σύμπραξη Σουλτάνου και Μοχάμετ Άλι της Αιγύπτου απειλούσε την Επανάσταση.
Ο Κολοκοτρώνης δέχθηκε να μεταβεί στο Ναύπλιο και να «προσφέρη εις την Διοίκησιν την υπόκλισίν του και την ευπείθειάν του εις τους νόμους της πατρίδος…». Είχε λάβει αόριστες διαβεβαιώσεις ότι η Κυβέρνηση θα χορηγούσε αμνηστία στους αντιπάλους της. Όμως, ο Κουντουριώτης δεν πίστεψε τα λόγια του μεγάλου του αντιπάλου και αφού τον συνέλαβε στις 6 Φεβρουαρίου 1825 τον έκλεισε στο μοναστήρι του Προφήτη Ηλία στην Ύδρα. Τον Απρίλιο η κυβέρνηση κατάφερε να υποτάξει τον Οδυσσέα Ανδρούτσο, που ήταν στο πλευρό του Κολοκοτρώνη και στους δύο εμφυλίους. Φυλακίστηκε στην Ακρόπολη και δολοφονήθηκε στις 5 Ιουνίου 1825.
Ο Κολοκοτρώνης είχε διαφορετική μοίρα. Αφέθηκε ελεύθερος την ίδια περίοδο, όταν οι πάντες είχαν συνειδητοποιήσει τον κίνδυνο που διέτρεχε ο Εθνικός Ξεσηκωμός. Ο Ιμπραήμ είχε καταλάβει τη μισή Πελοπόννησο και ο Κιουταχής πολιορκούσε το Μεσολόγγι. Η στρατηγική ιδιοφυΐα του Γέρου του Μωριά έπρεπε να τεθεί και πάλι στη διάθεση της Επανάστασης.
