Γεννήθηκε το 1785 στην Τριπολιτσά και ήταν γιος του εμπόρου Δημητρίου Σέκερη. Αδελφοί ήταν ο Αθανάσιος και Γεώργιος Σέκερης που ασχολήθηκαν και αυτοί με το εμπόριο και ήταν μέλη της Φιλικής Εταιρείας.
Φοίτησε στη Σχολή της Δημητσάνας και μετά τη δολοφονία του πατέρα του από τους Τούρκους μέσα στο εμπορικό του στην Τριπολιτσά, κατέφυγε αρχικά στις Σπέτσες και στη συνέχεια εγκαταστάθηκε στην Κωνσταντινούπολη, όπου ίδρυσε εμπορικό οίκο. Στα χρόνια της μεγάλης του ακμής ήταν και ιδιοκτήτης εννέα πλοίων.
Στη Φιλική Εταιρεία μυήθηκε στις 5 Μαΐου 1818 από τον Νικόλαο Σκουφά.
και διέθεσε αμέσως για τους σκοπούς της το σημαντικό χρηματικό ποσό των 10.000 γροσίων, καθώς κι ένα πλοίο για τα ταξίδια των ηγετικών στελεχών της.
Τον ίδιο χρόνο άρχισε τις μυήσεις ναυτικών κι εμπόρων (των Ιακώβου Τομπάζη, Γεωργίου Πάνου, Αναστάσιου Ανδρούτσου κ.ά.) και μετά τον θάνατο του Σκουφά (31 Ιουλίου 1818) εξελέγη μέλος της «Αρχής», της ηγετικής ομάδας της Φιλικής Εταιρεία και ουσιαστικά έγινε ο αρχηγός της.
Όπως προκύπτει από την αλληλογραφία του, από τον Αύγουστο του 1818 οι ενέργειές του για την προετοιμασία τής Επανάστασης υπήρξαν συνεχείς και, χάρη στις σχέσεις του με εξέχουσες προσωπικότητες του Ελληνισμού της Διασποράς, η Φιλική Εταιρεία απέκτησε ισχυρές βάσεις. Καθημερινά έπαιζε το κεφάλι του κορώνα-γράμματα και γι’ αυτό φρόντισε να έχει μαζί του ένα δραστικό δηλητήριο, ώστε να δώσει ο ίδιος τέλος στη ζωή του εάν θα χρειαζόταν.
Με την έναρξη του Αγώνα κινδύνευσε άμεσα. Ένας Τούρκος αγάς, που είχε ευεργετηθεί απ’ αυτόν, τον ειδοποίησε και μόλις πρόλαβε να ξεφύγει. Ξύρισε τα γένια του, ντύθηκε πλοίαρχος και με το καράβι του «Αγία Ελένη» έφυγε με την οικογένειά του για την Οδησσό, οικονομικά εξαντλημένος, αφοί οι Τούρκοι δήμευσαν την περιουσία του.
Το 1830 ήρθε οικογενειακώς στην Ελλάδα και διορίστηκε από τον Καποδίστρια τελώνης στην Ύδρα και το Ναύπλιο «εις τα κάθυγρα εργαζόμενος διά τον άρτον των τέκνων του» όπως έγραφε ο Ιωάννης Φιλήμων στην εφημερίδα του «Αιών».
Ο Παναγιώτης Σέκερης πέθανε στις 29 Ιανουαρίου 1847 στο Ναύπλιο, σε ηλικία 62 ετών.
