Ο πατέρας του, Γιόχαν Μάγερ, ήταν γιατρός και το περιβάλλον του μεγαλοαστικό. Σπούδασε φαρμακευτική και στη συνέχεια ξεκίνησε σπουδές ιατρικής, τις οποίες δεν ολοκλήρωσε, καθώς αποβλήθηκε από το Πανεπιστήμιο του Φράιμπουργκ, λόγω χρεών. Το 1817 παντρεύτηκε τη Σαλώμη Στάουμπ, αλλά ένα χρόνο αργότερα το ζευγάρι χώρισε.
Πνεύμα ανήσυχο, φιλελεύθερο και ολίγο τυχοδιωκτικό, δεν δίστασε να συστηθεί ως Δρ Μάγερ ενώπιον της φιλελληνικής επιτροπής της Βέρνης και να ζητήσει να κατέβει στην Ελλάδα για να βοηθήσει την περίθαλψη των αγωνιζομένων Ελλήνων. Πράγματι, με έξοδα της επιτροπής ήλθε στην Ελλάδα τους πρώτους μήνες της επανάστασης και στις 20 Φεβρουαρίου του 1822 πήρε μέρος στη Ναυμαχία της Πάτρας υπό τις διαταγές του Ανδρέα Μιαούλη.
Στη συνέχεια εγκαταστάθηκε στο Μεσολόγγι. Ασπάστηκε την Ορθοδοξία και ήλθε σε δεύτερο γάμο με την ωραία μεσολογγίτισσα Αλτάνα Ιγγλέζου, με την οποία απέκτησε δύο παιδιά. Με διευθυντή τον Γερμανό γιατρό Γιόχαν Έλστερ άνοιξε μικρό νοσοκομείο, στο οποίο νοσηλεύονταν οι τραυματίες του πολέμου. Η πλήρης ενσωμάτωσή του στο ελληνικό περιβάλλον εκτιμήθηκε ιδιαίτερα από τους προεστούς του Μεσολογγίου και γρήγορα έγινε ένας από τους ευυπόληπτους πολίτες της πόλης.
Την Πρωτοχρονιά του 1824 εξέδωσε την εφημερίδα Ελληνικά Χρονικά, με την υποστήριξη του Λόρδου Βύρωνα, τον οποίον δεν συμπαθούσε ιδιαίτερα, καθώς τον θεωρούσε έναν αριστοκράτη δανδή, που δεν πρόσφερε τα αναμενόμενα στην Επανάσταση. Η αντιπάθεια ήταν αμοιβαία. Ο λόρδος Βύρων πίστευε ότι τα φλογερά φιλελεύθερα και αντιμοναρχικά άρθρα του Μάγερ, που διαβάζονταν και στο εξωτερικό, δεν έκαναν καλό στην ελληνική υπόθεση, καθώς εξαρτούσε πολλά για την ανεξαρτησία της από τις μοναρχίες της Ευρώπης. Για τον Μάγερ η ελευθερία του Τύπου ήταν αδιαπραγμάτευτη και δεν δίσταζε να ασκεί κριτική ακόμη και στους πολιτικούς που υποστήριζε.
Ο Μάγερ ήταν ενταγμένος στην πολιτική μερίδα του αγγλόφιλου Γεωργίου Κουντουριώτη (1782-1858) και ήταν υποστηρικτής του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1791-1865), στην εμφύλια διαμάχη τους αρχικά με τους στρατιωτικούς και στη συνέχεια με τους Πελοποννήσιους. Τον Αύγουστο του 1824 διορίσθηκε μέλος της διευθύνουσας επιτροπής του Μεσολογγίου, στη θέση του αποθανόντος Ιωάννη Τρικούπη (1750-1824) και διακρίθηκε για τις διοικητικές του ικανότητες κατά την πολιορκία της πόλης από τους Τουρκοαιγύπτιους.
Ο Ιωάννης - Ιάκωβος Μάγερ σκοτώθηκε μαζί με την οικογένειά του και την υπηρέτριά του Σάννα, κατά τη διάρκεια της Εξόδου του Μεσολογγίου, στις 11 Απριλίου 1826. Μαζί του έφερε το σπουδαίο ημερολόγιο, στο οποίο κατέγραφε τα γεγονότα του Μεσολογγίου μετά την διακοπή της έκδοσης των «Ελληνικών Χρονικών» στις 20 Φεβρουαρίου 1824 και το οποίο χάθηκε. Το μνημείο του βρίσκεται στον Κήπο των Ηρώων του Μεσολογγίου.
ΔΙΑΒΑΣΤΕ ΕΠΙΣΗΣ
Η σημερινή «ελληνοαμερικανική αμυντική συνεργασία» και το πνεύμα του αμερικανικού Φιλελληνισμού το 1821
Ο Μεσολογγίτης ποιητής και ακαδημαϊκός Γεώργιος Δροσίνης, προλογίζοντας την έκδοση του «Ημερολογίου της Πολιορκίας του Μεσολογγίου 1825-1826», εκ των «Ελληνικών Χρονικών του Μάγερ» έγραψε χαρακτηριστικά για τον Ελβετό φιλέλληνα:
Ευλογημένη ας είναι η Σαλώμη Μάγερ, το γένος Στάουμπ, η οποία εζήτησε την διάζευξιν της από τον Μάγερ, και τρισευλογημένος ο πρύτανις του Πανεπιστημίου του Φρειβούργου, ο οποίος τον απέβαλεν. Αν δεν συνέβαιναν τα δύο αυτά, η Ελβετία θα είχεν έναν περισσότερον αγαθόν οικογενειάρχην και ένα περισσότερον ιατρόν ή φαρμακοποιόν, αλλά το Μεσολόγγι θα εστερείτο τον Πολύβιον της πολιορκίας του και το αίμα ενός απογόνου του Γουλιέλμου Τέλλου - κατά την δική του έκφρασιν δεν θα ανεμιγνύετο με το αίμα των ηρώων της Ελλάδος.
