Τα αρχεία αποτελούν σημαντική πηγή πληροφοριών, αλλά είναι ταυτόχρονα και χώροι διατήρησης της ιστορικής μνήμης και πολιτιστικής κληρονομιάς. Η αρχειακή κληρονομιά είναι μια πολύτιμη μαρτυρία για την οικονομική, πολιτική και κοινωνική ανάπτυξη της ανθρωπότητας. Η ποικιλομορφία των αρχειακών πηγών και μορφών είναι σημαντική.
Το Ιστορικό Αρχείο Εγγράφων και τα Ιστορικά Φωτογραφικά Αρχεία του Βυζαντινού και Χριστιανικού Μουσείου αποτελούν μέρος των συλλογών του Μουσείου.
Πλήθος εγγράφων και άλλων ιστορικών μαρτυριών παρέχουν πολύτιμες πληροφορίες για την ίδρυση (1884) και την ιστορία της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρείας, την ίδρυση και την πορεία του Μουσείου από την περίοδο της Εφορευτικής Επιτροπής με διευθυντή τον Αδαμάντιο Αδαμαντίου (1914-1923) έως τα τελευταία χρόνια με διευθυντές τον Μανόλη Χατζηδάκη (1960) και τον Παύλο Λαζαρίδη (1975).
Ένα από τα σημαντικότερα ιστορικά και φωτογραφικά αρχεία του Μουσείου είναι το φωτογραφικό αρχείο της ΧΑΕ. Η δημιουργία του αρχείου αυτού, όπως εξάλλου και όλης της συλλογής της, θεωρείται το μέγιστο έργο του ιδρυτικού της μέλους Γεωργίου Λαμπάκη, εξαίρετου φωτογράφου και πρωτοπόρου της αρχαιολογικής τεκμηρίωσης. Όπως είναι γνωστό, η συλλογή της ΧΑΕ ενσωματώθηκε το 1923 στο Μουσείο.
Ένα άλλο φωτογραφικό αρχείο συγκροτήθηκε αργότερα από τον διευθυντή του Βυζαντινού Μουσείου Γεώργιο Σωτηρίου (1923-1960), το οποίο τεκμηριώνει τη μακρόχρονη ανασκαφική και ερευνητική δραστηριότητα του διαπρεπούς βυζαντινολόγου στην Ελλάδα, στην Κύπρο, στο Σινά και στα πατριαρχεία Αλεξανδρείας και Κωνσταντινουπόλεως.
Σημαντικό είναι επίσης και το αρχείο του Βασιλικού Ιδρύματος Ερευνών (Β.Ι.Ε.), του σημερινού δηλαδή Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, που συγκροτήθηκε από ομάδα βυζαντινολόγων με πρόεδρο τον διευθυντή του ΒΧΜ Γεώργιο Σωτηρίου, με χρηματοδότηση του Ιδρύματος. Πρόκειται για μια συστηματική φωτογραφική ευρετηρίαση βυζαντινών μνημείων και τοιχογραφιών στην Αττική, την Εύβοια, τις Κυκλάδες, την Πελοπόννησο και τη Θεσσαλία.
Το 1964, με αφορμή την έκθεση «Η Βυζαντινή Τέχνη, Τέχνη Ευρωπαϊκή» (Ζάππειο, Απρίλιος-Ιούνιος 1964), και την οικονομική αρωγή του Συμβουλίου της Ευρώπης, ξεκίνησε η συγκρότηση διεθνούς Φωτογραφικού Αρχείου Βυζαντινής Τέχνης. Το πρόγραμμα δεν ολοκληρώθηκε, αλλά απέφερε στο Βυζαντινό και Χριστιανικό Μουσείο φωτογραφίες των αντικειμένων της έκθεσης, καθώς και μεγάλο αριθμό αρνητικών και εκτυπώσεων που εικονίζουν αντικείμενα άλλων μουσείων και συλλογών.
Την ίδια εποχή, το 1963, αγοράστηκε μέρος της συλλογής αρνητικών του φωτογράφου Περικλή Παπαχατζιδάκη (1909-1990), που περιλαμβάνει κυρίως φωτογραφικές αποτυπώσεις των μονών των Μετεώρων.
Τέλος, το αρχείο του Κεντρικού Εργαστηρίου Συντηρήσεως, που στεγαζόταν στο Μουσείο επί σειρά ετών, περιλαμβάνει φωτογραφικό υλικό από τις εργασίες συντήρησης των βυζαντινών και νεότερων μνημείων της χώρας, αποκαλύπτοντας έργα εξαιρετικής σημασίας μετά τη συντήρησή τους.
Ο ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρα (11ος αιώνας) στις βορειοανατολικές υπώρειες της Ακρόπολης των Αθηνών. Φωτογραφία. Εκτύπωση από γυάλινο αρνητικό. Ιστορικά & Φωτογραφικά Αρχεία ΧΑΕ 1475.
Ο ναός της Οδηγήτριας (Αφεντικό) στον Μυστρά. 1310. Η φωτογραφία αποτελεί σημαντικό τεκμήριο για την προτεραία κατάσταση του μνημείου. Οι αναστηλωτικές επεμβάσεις έγιναν την περίοδο 1906-1908 από την Αρχαιολογική Εταιρεία με τον τότε έφορο Αδαμάντιο Αδαμαντίου. Τη μελέτη και την οριστική αναστήλωση του μνημείου πραγματοποίησε ο βυζαντινολόγος Αναστάσιος Ορλάνδος το 1934. Ιστορικά & Φωτογραφικά Αρχεία, ΧΑΕ 6667.
Βιβλίο επισκεπτών 1890-1894. Το 1890, στον πρώτο όροφο του κτηρίου όπου συνεδρίαζε η Ιερά Σύνοδος στην πλατεία Καρύτση πραγματοποιήθηκε η πρώτη έκθεση του Χριστιανικού Αρχαιολογικού Μουσείου. Ενδιαφέρον παρουσιάζει η πρωτοβουλία της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρείας να δημιουργήσει στο χώρο της έκθεσης των συλλογών της βιβλίο επισκεπτών. Το βιβλίο αποτελεί σημαντική πηγή πληροφοριών για τα ονόματα των επισκεπτών καθώς και για τις μέρες και ώρες λειτουργίας της έκθεσης. ΒΧΜ, Ιστορικά Αρχεία.
Ημερολόγιο Γεωργίου Σωτηρίου, Αύγουστος-Σεπτέμβριος 1931. Σημειώσεις από την περιοδεία του Γ. Σωτηρίου στην Κύπρο. Είναι ανοιχτό στις σελίδες 108-109, όπου περιέχονται ιδιόχειρες σημειώσεις και κάτοψη του καθολικού της μονής του Αντιφωνητή στην Κυρήνεια. ΒΧΜ, Ιστορικά Αρχεία, Αρχείο Σωτηρίου.
Γενική άποψη της ερειπωμένης βασιλικής του Αγίου Δημητρίου Θεσσαλονίκης. Μετά την πυρκαγιά της 17ης Αυγούστου 1917 ο Γεώργιος Σωτηρίου ανέλαβε την ανασκαφική έρευνα της βασιλικής, ενώ σε συνεργασία με τους αρχιτέκτονες Αριστοτέλη Ζάχο και Λορέντζο Θανόπουλο ξεκίνησαν οι εργασίες αποκατάστασης του μνημείου, που διήρκεσαν σχεδόν τριάντα χρόνια. ΒΧΜ, Ιστορικά & Φωτογραφικά Αρχεία, Αρχείο Σωτηρίου.
