Μία από τις περιβόητες νίκες των Ελλήνων απέναντι στους Πέρσες, καθοριστικής σημασίας ήταν η "Ναυμαχία της Σαλαμίνας".
H ναυμαχία της Σαλαμίνας το 480 π.Χ υπήρξε η πιο καθοριστική της δεύτερης φάσης των Μηδικών πολέμων, όταν ο Ξέρξης, που ηγούνταν της δεύτερης κατά σειρά εκστρατείας της Περσίας εναντίον των αρχαίων ελληνικών πόλεων είχε ήδη πετύχει μια δύσκολη, όσο και σημαντική νίκη στις Θερμοπύλες, που ανέδειξε όμως ανάγλυφα πως ο μοναδικός τρόπος να κριθεί η έκβαση του πολέμου ήταν ποιος θα ήταν ο νικητής σε μια μεγάλης κλίμακας ναυμαχία. Το ίδιο είχε αντιληφθεί και ο Θεμιστοκλής, που μια παράδοση που παραδίδει ο Πλούταρχος λέει πως ήθελε οπωσδήποτε να μοιάσει στον Μιλτιάδη και να μιμηθεί το κατόρθωμά του στο Μαραθώνα. Λέγεται πως είχε κλειστεί στον εαυτό του κι απέφευγε ακόμα και τα συμπόσια, καθώς “δεν τον άφηνε να κοιμηθεί η δόξα του Μιλτιάδη”.
Φτάνοντας στην Αθήνα ο Πέρσης βασιλιάς βρήκε μια έρημη πόλη, καθώς οι κάτοικοι την είχαν εγκαταλείψει. Οι Πελοποννήσιοι με επικεφαλής τους Σπαρτιάτες είχαν υψώσει αμυντικό τείχος στο ισθμό, ενώ την ίδια ώρα ο Θεμιστοκλής ήταν σε αντιπαράθεση με τον Σπαρτιάτη αρχηγό του στόλου Ευρυβιάδη για την καταλληλότητα του στενού της Σαλαμίνας. Ο Θεμιστοκλής επέμεινε πως στον περιορισμένο αυτό χώρο ήταν αδύνατον να παρατάξουν οι Πέρσες τα πλοία τους, σε αντίθεση με τις μικρές κι ευέλικτες τριήρεις των Ελλήνων. Οι Σπαρτιάτες μεταπείστηκαν, η αρχηγία του στόλου παρέμενε τυπικά τουλάχιστον στα χέρια του Ευρυβιάδη.
Αξίζει να σημειωθεί ότι ο στόλος ήταν πρόσφατο απόκτημα των Αθηναίων, που ως τότε δε διέθεταν κάποια ιδιαίτερα αξιόλογη ναυτική παράδοση και οφείλεται στο λεγόμενο “τέχνασμα του Θεμιστοκλή”.
Αδυνατώντας να πείσει με λογικά επιχειρήματα τους συμπολίτες του, κατέφυγε σε χρησμούς, ερμηνεύοντας ως θεϊκό σημάδι την εξαφάνιση του ιερού φιδιού της Αθηνάς στο Ερέχθειο, δήθεν για να δείξει στους Αθηναίους το δρόμος προς τη θάλασσα. Ερμήνευσε επίσης το χρησμό της Πυθίας που είχε ζητήσει η πόλη από την Πυθία περί “ξύλινων τειχών” ως πλοία στην πραγματικότητα, πείθοντας τελικά την πόλη να χρηματοδοτήσει τον πολυδάπανο στόλο. Στο μεταξύ οι Αθηναίοι που μπορούσαν να πολεμήσουν πήραν θέσεις στις τριήρεις έχοντας στείλει γυναικόπαιδια και δούλους στην Τροιζήνα, όπου λέγεται πως οι ντόπιοι υποδέχτηκαν με θέρμη τους φιλοξενούμενους, πληρώνοντας ακόμα και δασκάλους για τη μόρφωση των παιδιών.
Όταν οι Πέρσες αντίκρυσαν τη συγκέντρωση των ελληνικών πλοίων στη Σαλαμίνα αποφάσισαν να περικυκλώσουν το νησί και ο Μεγάλος Βασιλιάς με μεγάλη αυτοπεποίθηση ανέβηκε σε πλαγιά του όρους Αιγάλεω για να έχει εποπτεία της ναυμαχίας.
Γρήγορα αποδείχτηκε ότι πράγματι ο περσικός στόλος δεν μπορούσε να αντέξει σε τέτοιες συνθήκες καθότι εξαιρετικά δυσκίνητος. Ως το απόγευμα είχε πρακτικά καταστραφεί ο στόλος τους, κατά την παράδοση 300 πλοία, αν και οι αριθμοί των πλοίων εκατέρωθεν πρέπει να αντιμετωπίζονται με σημαντική επιφυλακτικότητα. Η εξοικίωση των Ελλήνων με το κολύμπι έσωσε σε πολλούς στη ζωή, σε αντίθεση με τους μαθημένους σε ηπειρωτικά περιβάλλοντα Πέρσες. Σύμμαχοι των Αθηναίων υπήρξαν οι Αιγινήτες, που αναλάμβαναν να αποτελειώσουν όποιον Πέρση γλίτωνε από τους πρώτους. Την αυλαία στους Περσικούς πολέμους, τουλάχιστον όπως τους διδασκόμαστε στο σχολείο, καθώς στην πραγματικότητα η αντιπαράθεση Περσών και Ελλήνων θα συνεχιζόταν για ακόμα μία τριακονταετία περίπου, έριξε μια άλλη ναυμαχία εκείνη της Μυκάλης το 479 π.Χ, που αν και λιγότερο προβεβλημένη ήταν εξίσου “επικών” διαστάσεων.