Σε βάρος του έχει ασκηθεί δίωξη σε βαθμό κακουργήματος για διατάραξη ασφάλειας των συγκοινωνιών που είχε ως αποτέλεσμα το θάνατο πολλών ατόμων αλλά και δίωξη σε βαθμό πλημμελήματος για ανθρωποκτονία και βαριές σωματικές βλάβες κατά συρροή από αμέλεια.
Όπως μετέδωσε η δημοσιογράφος της ΕΡΤ Κωνσταντίνα Θεοχαρούλη η δίωξη στον κ. Πατέρα ασκήθηκε στα τέλη Αυγούστου, δεν απολογήθηκε όμως όπως ήταν προγραμματισμένο στις 5 Σεπτεμβρίου καθώς ήταν η ημέρα που ξεκίνησαν οι πλημμύρες στη Θεσσαλία. Σήμερα βρίσκεται έξω από το γραφείο του εφέτη ανακριτή που έχει αναλάβει την διερεύνηση της τραγωδίας που σημειώθηκε στις 28 Φεβρουαρίου με 57 νεκρούς.
Παράλληλα ο κ. Πατέρας διώκεται σε βαθμό πλημμελλήματος για παράβαση καθήκοντος καθώς ήταν ο άνθρωπος που υπέγραψε την μετακίνηση του σταθμάρχη που ήταν σε υπηρεσία το μοιραίο βράδυ που έγινε δυστύχημα προκειμένου να μετακινηθεί από την Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση στον ΟΣΕ.
Για αυτή την υπόθεση έχει ήδη ασκηθεί δίωξη σε 15 άτομα, δύο έχουν προφυλακιστεί ο 59χρονος σταθμάρχης και ο επιθεωρητής του ΟΣΕ στη Θεσσαλία.
Μέχρι στιγμής κανένα από τα ανώτερα στελέχη του ΟΣΕ δεν έχει προφυλακιστεί, ενώ σήμερα μετά και την απολογία του πρώην πρόεδρου του ΟΣΕ θα αποφασιστεί ποια θα είναι η περαιτέρω ποινική μεταχείριση του
Υπενθυμίζεται ότι ο εφέτης-ανακριτής που έχει αναλάβει την υπόθεση και σηκώνει το βάρος της υπόθεσης προκειμένου να αναζητήσει ευθύνες σε όποιο βαθμό κι αν βρίσκονται φαίνεται ότι βρίσκεται στο τελευταίο στάδιο της έρευνας και ενδεχομένως θα προχωρήσει στην άσκηση και νέων διώξεων.