Μπορεί η τοποθέτηση του Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Ιερωνύμου να συγκέντρωσε τα πυρά του τουρκικού ΥΠΕΞ το οποίο τον κατηγόρησε ότι "υπονομεύει τις διερευνητικές επαφές”, πλην όμως και παρά την διευκρινιστική ανακοίνωση της Αρχιεπισκοπής ο κ. Ιερώνυμος έχει τοποθετηθεί για το Ισλάμ ξεκάθαρα από το 2013 και εντεύθεν πολλάκις. Επιπροσθέτως έχει σχολιάσει και το ενδεοχμένο “πολέμου” με την Τουρκία.
To Νοέμβριο του 2016, μιλώντας στον ΣΚΑΙ, ο Αρχιεπίσκοπος είχε βρεθεί στο στόχαστρο των δήθεν προοδευτικών όταν εκτίμησε ότι ο τόπος «προχωράει από στιγμή σε στιγμή στον αφελληνισμό και στον αποχριστιανισμό» και έκανε λόγο για «κίνδυνο ισλαμοποίησης», χαρακτηρίζοντας «βαθιά νυχτωμένους» εκείνους που δεν το βλέπουν.
Για το αν βλέπει πραγματικό κίνδυνο ισλαμοποίησης της χώρας, ο Αρχιεπίσκοπος είπε χαρακτηριστικά: «Δεν είναι κίνδυνος ισλαμοποίησης όταν πιστεύουμε ότι αυτοί ήρθανε και θα πάνε στις πατρίδες τους. Αλλά δεν είναι ότι το καλύτερο. Είναι μια απόπειρα αλλοίωσης από κέντρα. Να μην είναι μόνο η γλώσσα ελληνική, να μην είναι μόνο θρησκεία η ελληνική, να μην είναι μόνο η συνείδηση ελληνική. Ο τόπος μας προχωράει από στιγμή σε στιγμή στον ανθελληνισμό και στον αποχριστιανισμό. Εκείνοι που δεν το βλέπουν είναι μακριά νυχτωμένοι. Και εκείνοι που το βλέπουν χαίρονται γιατί βλέπουν και το καμαρώνουν ότι το πρόγραμμα τους και το όνειρο τους πραγματοποιείται».
Ιούνιο του 2017 σε συνέντευξή στον τηλεοπτικό σταθμό 4Ε και στον Αρχιμανδρίτη Νικάνωρα Παπανικολάου ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Ιερώνυμος για το Ισλάμ είπε:
“Ο μουσουλμανικός λαός πάντοτε είναι προκατειλημμένος και τους καλλιεργούν προς τα εκεί διάφοροι ιδεολόγοι ότι δεν τελείωσαν ακόμη οι Σταυροφορίες όταν υπέφεραν από την Καθολική Δύση, αλλά τώρα οι Σταυροφορίες έχουν διαφορετικό χρώμα”.
Αλλά και παλιότερα, στα τέλη Νοεμβρίου 2013 σε συνέντευξή του στον Γιώργο Τράγκα σχολιάζοντας το τέμενος στο Βοτανικό σχολίασε:
“Ήμουν υπερ αλλά βλέποντας τι γίνεται στη Μέση Ανατολή, τις σφαγές των Χριστιανών είμαι επιφυλακτικός για το τι μορφή θα έχει. Θα είναι σχολή μουσουλμανισμού, φονταμενταλισμού; Πως θα διοικείται; Βλέπουμε πως το Ισλάμ έχει αρχίσει να γίνεται απειλή...”
Στην ίδια συνέντευξη μιλώντας για την Τουρκία και τις τεταμένες σχέσεις μας ήταν καθησυχαστικός: “Δεν φοβάμαι πόλεμο...Αν γίνει θα είναι πόλεμος πέντε ημερών”
