''Λυπούμαστε για την πρόσφατη απόφαση της τουρκικής κυβέρνησης για την Εκκλησία της Αγίας Σοφίας και εκφράζουμε την αποδοκιμασία και την καταδίκη όλων όσοι επιχειρούν να αλλοιώσουν την ιστορική ταυτότητα της χώρας."
Με αυτό το μήνυμα εξέφρασε την συμπαράστασή του στον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο και την Μητέρα Εκκλησία της Κωνσταντινουπόλεως ο Πατριάρχης Αντιοχείας Ιωάννης.
Ο Πατριάρχης Ιωάννης και η Ιερά Σύνοδος της Αντιοχειανής Εκκλησίας κατήγγειλε την τελευταία τουρκική απόφαση για τον Ιερό Ναό της Αγίας Σοφίας στην Κωνσταντινούπολη μέσω μηνύματος που απέστειλε στον Οικουμενικό Πατριάρχη και μεταξύ άλλων αναφέρει:
“Έχουμε την εικόνα του Ιερού Ναού της Αγίας Σοφίας στην Κωνσταντινούπολη του οποίου η γήινη δόξα αντανακλά κάθε ουράνια δόξα. Το λέμε αυτό και όλοι γνωρίζουμε την ιστορία αυτής της εκκλησίας. Το λέμε αυτό καθώς γνωρίζουμε τα επικείμενα και τα επίπεδα της ιστορίας που την μετέτρεψαν σε μουσείο τον περασμένο αιώνα. (...) Ακούσαμε με μεγάλη λύπη την απόφαση της τουρκικής κυβέρνησης να μεταμορφώσει τον Ιερό Ναό της Αγίας Σοφίας από την κατάσταση που βρισκόταν σε τζαμί. Λυπούμαστε για αυτή την απόφαση και εκφράζουμε την καταδίκη. Η τελευταία απόφαση οδηγεί στην περιθωριοποίηση της χριστιανικής παρουσίας στην Ανατολή για να μην πούμε την προσπάθεια να καταστρέψει τον εναπομείναντα ηγετικό ρόλο και την ύπαρξη κάθε Χριστιανού που συνυπάρχει ειρηνικά με τα υπόλοιπα θρησκευτικά στοιχεία· τα τεκμήρια ανοχής της ιστορίας και της θρησκευτικής αδελφοσύνης με αμοιβαίο σεβασμό είναι πολλά”
Στη συνέχεια ο Πατριάρχης Ιωάννης σχολιάζει πως με αυτή την απόφαση “ενισχύεται ο εξτρεμισμός”
“Είμαστε μαζί σου, αδελφέ προσευχόμενοι από κοινού για την Αγία Εκκλησία και για αυτή την πληγωμένη Ανατολή. Είμαστε μαζί σας σε κάθε προσπάθεια να ενισχύσετε την παρουσία σας στην προγονική σας γη για την Εκκλησία Κωνσταντινουπόλεως νέας Ρώμης με την οποία όλοι οι αδελφοί και η ενότητα της πίστης στον Ιησού Χριστό μας συνδέουν”
Καταλήγοντας τόνισε πως “μεταφέρουμε την αλληλεγγύη των πιστών μας στην Εκκλησία της Αντιοχείας και στην υπόλοιπη Ανατολή και ζητούμε από τον Κύριο να σας χαρίσει πολλά χρόνια "